キーワード: IRIS、IntegratedML、機械学習、Covid-19、Kaggle

前のパート1の続き... パート1では、Kaggleに掲載されているこのCovid-19データセットにおける従来型MLのアプローチを説明しました。

今回のパート2では、IRISのIntegratedMLを使用して、可能な限り単純な形態で同じデータとタスクを実行しましょう。IntegratedMLは、バックエンドAutoMLオプション用に洗練された優れたSQLインターフェースです。 同じ環境を使用します。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

【 管理ポータルへのパスワード認証設定方法 】

管理ポータルの、
 [ホーム] > [システム管理] > [セキュリティ] > [アプリケーション] > [ウェブ・アプリケーション]
で /csp/sys、および、/csp/sys/ 以下の各アプリケーション(/csp/sys/expなど) の編集画面を開き、“許可された認証方法” の、“パスワード” をチェックして保存します。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

プライベートWebサーバを使用して、HTMLファイルをリクエストした際に、日本語が文字化けする場合があります。
その場合には、HTMLファイルをBOM(バイト・オーダー・マーク)付で保存してください。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

このメッセージが出力される要因は以下の2つになります。

  1. 同じデータに対して適切に排他を行わずに、別々のプロセスから更新が行われている
  2. ロールバックが発生している

詳細は以下の通りです。 メッセージログ/コンソールログに、以下のようなメッセージがある場合、これはロールバック処理にて出力されています。
※バージョンによってメッセージは多少異なります。

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キーワード: IRIS、IntegratedML、機械学習、Covid-19、Kaggle

目的

最近、Covid-19患者がICU(集中治療室)に入室するかどうかを予測するKaggleデータセットがあることに気づきました。 231列のバイタルサインや観測で構成される1925件の遭遇記録が含まれる表計算シートで、最後の「ICU」列では「Yes」を示す1と「No」を示す0が使用されています。 既知のデータに基づいて、患者がICUに入室するかどうかを予測することがタスクです。

このデータセットは、「従来型ML」タスクと呼ばれるものの良い例のようです。 データ量は適切で、品質も比較的適切なようです。 IntegratedMLデモキットに直接適用できる可能性が高いようなのですが、通常のMLパイプラインと潜在的なIntegratedMLアプローチに基づいて簡易テストを行うには、どのようなアプローチが最も単純なのでしょうか。

範囲

次のような通常のMLステップを簡単に実行します。

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こんにちは、皆さま。
業務でIRISを用いて開発を行っている者です。

私はIRISでSQLアクセスを行うプログラムをを作成しており、
テーブルアクセスには%ScrollableResultSetクラスのAPIを用いて処理を実現しています。
作成するSQLはインジェクション対策のため、?パラメータを用いておりますが、
この度、大量のパラメータ(600項目)を用いるSQLを作成する必要が出てきました。

https://irisdocs.intersystems.com/iris20191/csp/docbookj/DocBook.UI.Page...
こちらによりますと、可変長引数を用いても引数の上限値は255個となっており、
実際に600個のパラメータを引数に与えてSQLアクセスしようとすると、<STACK>エラーが発生する状況です。

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キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、X線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部X線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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InterSystems 製品のキットには Apache Web サーバが含まれています。
これにより、お客様が外部Webサーバをインストールせずに Caché/IRIS 管理ポータルを動作させる為の便利な方法を提供しています。
ただし、このWebサーバを実稼働インスタンスに使用しないでください。お客様は、システムに応じたニーズとセキュリティ/リスク要件に適合するWebサーバを別途インストールする必要があります。

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記事
Tomoko Furuzono · 2021年11月28日 5m read
データサイズを調べる方法

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

InterSystems製品のデータ(テーブルの行データ、オブジェクトのインスタンスデータ)は、グローバル変数に格納されています。
各グローバルのデータサイズは、管理ポータル>システム>構成>ローカルデータベース>グローバルのページから参照したいグローバルのプロパティをクリックし、表示されるグローバル属性ページ上のサイズ計算ボタンをクリックすることで個別のグローバルのサイズを取得することができます。
ネームスペース上のグローバルのデータサイズをまとめて表示するには、ターミナル上で^%GSIZEユーティリティを起動することで取得することができます。
実行方法は以下の通りです。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems製品開始時に、OSの実行ファイルやコマンド、InterSystems製品内に作成したプログラムを実行したい場合は SYSTEM^%ZSTART ルーチンに処理を記述します。

(%ZSTARTルーチンは%SYSネームスペースで作成します)

SYSTEM^%ZSTART に記述する処理は、事前にあらゆる条件下でうまく動作することを確認してください。

^%ZSTART ルーチンの記述ミスや、記述は正しくとも起動時にコマンドが応答を返さなかったり処理でエラーが起こった場合、InterSystems製品が起動できなくなることがあります。

詳しくは、以下ドキュメントをご参照ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

SELinuxの機能が有効になっているとファイルアクセス時にセキュリティコンテキストのチェックで permission エラーになります。

CSP のページについても同様に permission エラーになっているため、Apache にて 403 Forbidden エラーになります。

以下の設定でSELinuxの機能を無効にすることで回避できます。

設定ファイル /etc/selinux/config の SELINUX=disableに設定し、OS の再起動を行います。

例:

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

設定内容によって、方法が異なります。

システム構成について

管理ポータルの [システム管理] > [構成]

以下の設定については(※1)、パラメータファイル(InterSystems IRISは iris.cpf、Caché/Ensemble/HealthShareは cache.cpf) に格納されます。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

タイムアウトを無効にするためには、DSNの設定でクエリタイムアウト無効に設定します。

Windowsコントロールパネル > [管理ツール] > [データソース(ODBC)] > [システムDSN]の構成


で クエリタイムアウト無効 にチェックを入れますと、タイムアウトは無効になります。

アプリケーション側で変更する場合は、ODBC APIレベルで設定することが可能です。


ODBCのSQLSetStmtAttr関数をコールする際に、SQL_ATTR_QUERY_TIMEOUT属性を設定してから、データソースに接続してください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

バックアップ先に、共有フォルダを指定することは可能ですが、推奨しません。

バックアップの最終フェーズのDBアクセスを禁止する箇所で万一ネットワークエラー等で、バックアップがハングアップすることがあれば、システム全体に影響が及ぶリスクがあります。

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Toshihiko Minamoto · 2021年11月11日 8m read
GitHub Codespaces と IRIS

しばらく前、GitHubはGitHub Codespacesという新しい機能を発表しました。 ブラウザでVSCodeを実行する機能があります。マシンでローカルに実行するのとほぼ同じ性能がありますが、クラウドの能力も備わっているため、最大32CPU、64 GB RAMのマシンタイプを選択することが可能です。

素晴らしいことですね。 でも、このことは、InterSystems IRISで駆動するプロジェクトで作業する上で、どのように役立つのでしょうか。 それをどのように構成するのか見てみましょう。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。


InterSystems製品のプロセスが消費するメモリ領域は以下の6つの領域になります。

プロセスのプライベートな領域

 1. プロセスパーティション(ローカル変数テーブル等、プロセスごとに使用するメモリ)
 2. 長い文字列(LongString)使用メモリ
 3. 文字列スタック...等

プロセス間共有領域

 4. データベースキャッシュ
 5. ルーチンキャッシュ
 6. 一般ヒープメモリ(プロセステーブル、ロックテーブル等)

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開発者の皆さん、こんにちは!

この記事では、【GettingStarted with IRIS】シリーズの MQTT アダプタを簡単に試せるサンプルの利用方法についてご紹介します!

(MQTTブローカーはインターネット上に公開されているテスト用ブローカーを利用しています)​​

サンプルは、こちら👉https://github.com/Intersystems-jp/Samples-MQTT-EKG-Devices (コンテナで動作します)

IRIS/IRIS for Health のバージョン2020.1から、IoT の世界でよく利用される MQTT プロトコルに対応できる MQTT アダプタが追加されました。

MQTTインバウンドアダプタでは、メッセージの Subscribe が行え、MQTTアウトバンドアダプタでは、メッセージの Publish が行えます。

サンプルでは、MQTT を使った遠隔モニタリングをテーマに、患者さんに装着した心電図から心拍数(BPM)をリアルタイムに近い状態で取得し、モニタ画面に患者さん毎の心拍数を表示します(IRIS の MQTT インバウンドアダプタを利用したメッセージの Subscribe をご体験いただけます)。

Publish されるトピックについて

サンプルでは、演習環境毎にユニークになるようにコンテナ開始時に以下の形式でトピックを作成しています(末尾の # はワイルドカードの指定です)。

/Student_4629/acmeHospital/EKG/#

実際に Publish されるトピックは患者さんに装着した心電図のデータになるので、# の部分は、Patient-1 や Patient-2 などのように患者さんを特定できる文字列が入ります。

サンプルのシナリオは、1つの医療機関の患者情報を取得する流れにしています(本来であれば複数の医療機関の患者情報をモニタできるようにしたほうが良いのですがシンプルに試すため、1つの医療機関の患者情報を取得する流れにしています)。

トピックの流れ

サンプルには1つHTMLファイルが用意されています。このファイルをブラウザで開くと MQTT ブローカーに接続し、データ(心拍数)を1秒ごとにブローカーへ Publish します。

IRIS は、MQTTブローカーから指定のトピックを Subscribe します。

​​​

MQTT ブローカーを Subscribe する設定を行った IRIS のサービスは、ブローカーからトピックを取得します。

実際の設定は以下の通りです。

受信したトピックは IRIS の中では​​​メッセージ(EnsLib.MQTT.Message)として扱われ、次のコンポーネントであるプロセス(図では Process_MQTT_Request)に渡します。

プロセスでは、受信した MQTT 用メッセージからモニタ表示に利用するデータ(Solution.HeartRate)に変換するため、データ変換を呼び出します。

プロセスエディタの開き方と、中で行われているデータ変換の呼び出しの設定を確認する方法は以下の通りです。

患者ごとの測定値を参照する流れ

MQTT ブローカーから Subscribe した心拍数をリアルタイムに近い状態で画面表示するため、データ変換で作成された Solution.HeartRate から1秒ごとに患者ごとの心拍数を収集し、画面に表示しています。

この表示を行うため、1秒間隔で Solution.HeartRate に対するSELECT文が実行されています。

このクエリを実行しているのが、メトリックと呼ぶクラスです。プロダクションでは以下の場所に設定されています。

メトリックでは、指定の呼び出し間隔で Solution.HeartRate から患者ごとの BPM を収集しています。詳細はソースコードをご参照ください。

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この連載の最初の記事では、大きなチャンクのデータをHTTP POSTメソッドのRaw本体から読み取って、それをクラスのストリームクラスとしてデータベースに格納する方法を説明しました。 2つ目の記事では、ファイルとファイル名をJSON形式にラップして送信する方法を説明しました。

それでは、大きなファイルを分割してサーバーに送るという構想を詳しく見ていきましょう。 これを行うために使用できるアプローチにはいくつかあるのですが、 この記事では、Transfer-Encodingヘッダーを使用してチャンク転送を指示する方法を説明します。 Transfer-EncodingヘッダーはHTTP/1.1仕様で導入されたものです。RFC 7230第4.1項では説明されているものの、HTTP/2仕様からはその説明が無くなっています。

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開発者の皆さん、こんにちは!

次の InterSystems オンラインプログラミングコンテストが決定しました!

お題は・・・・ 🏆 InterSystems Security Contest 🏆

応募期間は 2021年11月15日~11月28日 です!

💰 賞金総額: $9,450 💰

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対象バージョン
2020.1.0以降のInterSystems IRISおよびInterSystems IRIS for Healthのすべてのメジャー・リリースおよびメンテナンス・バージョン

対象プラットフォーム
全て

発生する問題
分散型キャッシュ・クラスタ(ECP 構成) でアプリケーションのロック保証に違反し、アプリケーションの整合性に問題が生じる可能性があります。

問題の詳細
この問題は、データサーバの再起動またはフェイルオーバー後に、アプリケーションサーバがECPリカバリを正常に実行した場合にのみ発生します。
以下のようなケースです。

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この連載の第1回目の記事では、「大規模な」チャンクのデータをHTTP POSTメソッドのRaw本体から読み取って、それをクラスのストリームプロパティとしてデータベースに格納する方法について説明しました。 では、そのようなデータとメタデータをJSON形式で格納する方法について見てみましょう。

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InterSystems IRIS と InterSystems IRIS for Health 2021.1 CommunityEdition の組み込みライセンスが 2021年10月30日で期限切れになるよう誤って設定されていることが判明しました。大変申し訳ありません。

CommunityEdition は開発用途であるため、実稼働バージョンへの影響はありませんが、CommunityEdition のキーが期限を迎えると、ご利用中インスタンスの実行が停止する、または開始できない状況になります。

ご利用を継続いただくためには、新しいインスタンスに置き換えていただく必要があります。インスタンスの置き換えが行えない場合には、ライセンスキーのオーバーライドが行える拡張用キーをご提供しております。

ご不便おかけし、大変申し訳ありません。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

TIMESTAMP型はInterSystems製品では、%Library.TimeStampデータタイプ(=%TimeStamp)に対応していて、フォーマットは YYYY-MM-DD HH:MM:SS.nnnnnnnnn です。

小数点以下の精度を変更したい場合は、以下の方法で設定します。

1) システムワイドに設定する

管理ポータル:[システム管理] > [構成] > [SQLとオブジェクトの設定] > [一般SQL設定] 
GETDATE(), CURRENT_TIME, CURRENT_TIMESTAMP のデフォルト時刻精度 に 0~9 の範囲で桁数を指定できます。

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開発者の皆さん、こんにちは!

InterSystems Interoperability コンテスト 2021 の投票結果が発表されました!

今回も、コーディングコンテストにご興味おもちいただきありがとうございました!

この記事では、コンテスト受賞者を発表します!

受賞された開発者の皆さん、👏おめでとうございます!🎊

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