Furuzonoさん、情報ありがとうございます。
Windowsマシンで試したのですが、OS認証をONにするのを忘れてハマってしまったので、念のため情報共有しておきます。

OS認証をONにする方法

1. システム管理ポータルの「システム管理」「セキュリティ」「システムセキュリティ」「認証/ウェブセッションオプション」メニューをクリックします。
2. 以下のページが表示されますので、「OS認証を許可」をチェックし、「保存」ボタンをクリックします。  
3. システム管理ポータルの「システム管理」「セキュリティ」「サービス」メニューをクリックします。
4. 「%Service_Console」をクリックし、表示されるダイアログにて「オペレーティングシステム」をチェック、「保存」ボタンをクリックします。

あとはWindowsユーザと同じ名前のユーザを作成すれば（インストール時のWindowsユーザであれば自動的に作成されています)、バッチファイルからirisコマンドでルーチンやクラスが起動できました。

Ohataさん

ご連絡ありがとうございます。
ちなみに私の手元のIRIS 2020.3で試してみましたところ、アラートメッセージが送られました。
お手数ですが、サポートセンターに問い合わせて頂ければと思います。