#HealthShare

キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、Ｘ線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部Ｘ線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。  デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。 

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

キーワード:   Jupyterノートブック、TensorFlow GPU、Keras、ディープラーニング、MLP、HealthShare    

1. 目的

前回の「パート1」では、ディープラーニングデモ環境をセットアップしました。今回「パート2」では、それを使ってできることをテストします。

私と同年代の人の中には、古典的なMLP（多層パーセプトロン）モデルから始めた人がたくさんいます。 直感的であるため、概念的に取り組みやすいからです。

それでは、AI/NNコミュニティの誰もが使用してきた標準的なデモデータを使って、Kerasの「ディープラーニングMLP」を試してみましょう。 いわゆる「教師あり学習」の一種です。 これを実行するのがどんなに簡単かをKerasレベルで見ることにします。

後で、その歴史と、なぜ「ディープラーニング」と呼ばれているのかについて触れることができます。流行語ともいえるこの分野は、実際に最近20年間で進化してきたものです。 

開発者の皆さん、こんにちは。

いつも使用しているユーザでアプリケーションや InterSystems 製品（IRIS／Caché／Ensemble／HealthShare） にアクセスしたとき、セキュリティ設定変更などの影響で急にアクセスできなくなった！という場合に、調査に便利な監査ログの参照方法をご紹介します。

ここでは、%Allロールを持つシステム管理ユーザ（ _system や SuperUser ）で管理ポータルにアクセスできる状態での確認方法をご紹介します。

監査ログですが、まずはシステムで監査が取られる設定になっているかご確認ください（通常無効化されている場合は、調査の時だけ有効に変更してください）。

管理ポータル > システム管理 > セキュリティ > 監査 > 監査を有効に

次に、アクセスできなくなった原因を探るため、以下のシステムイベントの監査を取得できるように変更します。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

Excelのマクロ機能を使ってVBAからREST/JSON経由でアクセスすることが可能です。

REST/JSONを使用したInterSystems製品との連携の簡単なサンプルを以下のGitHubサイトから入手できます。

VBAマクロサンプル

マクロサンプルは Solution/activityreport.xlsm をご覧ください。

サンプルは、コンテナを利用しています。READMEに記載の方法でコンテナを開始し、Solution/activityreport.xlsm の「データ取得」ボタンをクリックすると以下の結果が得られます。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータルの SQL 画面（管理ポータル > システムエクスプローラ > SQL）で、任意の SQL を実行した後、結果の行数などが表示されいる行の右端にある「印刷」のリンクから、CSVファイル出力を選択できます。

「クエリ印刷」画面で「ファイルにエクスポート」をチェックすると「ファイル形式」の欄が表示されます。

形式に「CSV」を指定し、出力ファイル名を指定したあと「エクスポート」ボタンをクリックすると出力できます。

注意：古いバージョンでは正しくCSV出力が行えない場合もあります。新しいバージョンをぜひご利用ください。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

%SYSTEM.License クラスのメソッド利用すると、ライセンス情報を取得できます（実行時は、$SYSTEM.License.メソッド名()　と記述します）。 

%SYSTEM.License クラスは、ライセンスユーティリティ用システムオブジェクトです。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems 製品には、テーブルのコンテンツに関する統計を収集し、クエリの最適化に役立てる「テーブルチューニング機能」があります。

設定方法は、以下のドキュメントをご参照ください。

• テーブルのチューニングについて【IRIS】
• テーブルのチューニングについて

ターミナルでは次のコマンドを実行します。

Do $system.SQL.TuneTable("<テーブル名>",0,1)

また、以下の資料もご参照ください。

1) パフォーマンス調査の基礎知識として必要なグローバル構造の解説やSQLの動作の仕組みからクエリプランの見方の解説

インターシステムズ・シンポジア2011の資料

2) パフォーマンスチューニングの例（P13～）

インターシステムズ・シンポジア2012の資料

3) ビットマップ・インデックスの圧縮やオプティマイザ・ヒントなど、Caché SQLのパフォーマンスを最大限に引き出すための情報について

インターシステムズ・シンポジア2014の資料

4) パフォーマンスに困ったときにどこに着目し、どのツールで調べていくか、お客様から日々ご相談をいただくカスタマーサポートから、解決に向かうアプローチの「イロハ」をご紹介するビデオ

動画：Performance 101

5) 開発者コミュティのパフォーマンス関連情報（performanceタグ）

performanceタグ

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

※データベースファイルとは、IRIS.DAT、および、CACHE.DATのことを指します。

Caché／Ensemble 2018.1.4、IRIS 2019.1.2／2020.1.0 以降のバージョンより、データベースファイル のサイズの縮小に、データベースの「圧縮」と「未使用領域の削除」機能をあわせて使用できます。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

一般的なシステム統合製品はメッセージエンジン製品を中心にビジネスプロセス管理製品、ポータル製品、ビジネスアクティビティモニタリング製品などの付随する製品を1つのパッケージ製品（スイート製品と呼ばれることも多い）として提供しています。

 パッケージとして提供はしていますが、個々の構成製品は通常別々に作成されたもので、操作法、リポジトリ管理、開発手法、管理手法等が各製品バラバラでシステム統合プロジェクトを実施するに当たり、これら全ての製品に習熟するためには膨大な時間がかかります。 

また各製品毎に担当者をアサインするということも考えられますが、そうすると各担当者間のコミュニケーションが必要となりプロジェクト管理の手間が増えます。

InterSystems IRIS data platform にはシステム統合に必要な全ての機能が1つの製品に含まれており、統一された操作法、一元化されたリポジトリ、1つの首尾一貫した開発/管理環境が提供されます。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

バージョンアップ後、ルーチンを再コンパイルする必要はありませんが、バージョンアップで %SYS が上書きされるため、%SYS 内のユーザ作成 INT 形式および OBJ 形式ルーチン（*.INT,*.OBJ）が削除されますので、注意が必要です。  

MAC形式（.MAC）と以下の名前の INT 形式および OBJ 形式ルーチンについては削除されません。

• %Z*.INT, %z*.INT, Z*.INT,z*.INT
• %Z*.OBJ, %z*.OBJ, Z*.OBJ,z*.OBJ

なお、クラス／CSP はアップグレード後にコンパイルが必要となります。

ただし、メンテナンスリリースへのアップグレードの場合は、コンパイルは不要です。詳細は、以下ドキュメントをご参照ください。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータル接続時に指定しているWeb サーバポートが正しい番号を指定しているかご確認ください。

Windows にクライアントツールのインストールを行っている場合は、ランチャーに登録している接続サーバの設定に問題がある場合が考えられます。

ランチャー > 優先接続サーバ > 追加／編集 で、接続先の Webサーバポートが正しく設定されているかご確認ください。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

%Persistent クラスに既定で生成される Extent クエリは、ID 順に結果セットを出力することを意図していませんので、これは、仕様通りの動きとなります。

並び順は、設定されているインデックスにより、変わることがあります。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

同一システムに InterSystems 製品を複数インストールした場合、ドライバマネージャに登録される InterSystems 用の ODBCドライバは、最後にインストールしたバージョンのものに変更されます。

以下のレジストリエントリを変更することで、任意のドライバへ変更できます。

 なお、RegFiles.bat 実行では ODBCドライバは切り替わらないのでご注意ください。

レジストリエントリは、以下の通りです。

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータルで設定できるメモリ関連の項目は、以下の通りです。
（項目としては他にもありますが、ここでは、ほとんど設定する必要のないものについては記載していません。）

管理ポータル [ホーム] > [システム管理] > [構成] > [システム構成] > [メモリと開始設定]

古いバージョンのメニューは以下の通りです。

【バージョン5.1～2010.x】
システム管理ポータル [ホーム] > [構成] > [メモリと開始設定] の設定内容
* データベースキャッシュ用メモリ
* ルーチンキャッシュ用メモリ 【バージョン2011.1.0～】
管理ポータル [ホーム] > [システム管理] > [構成] > [追加の設定] > [メモリ詳細設定]