開発者のみなさん、あけましておめでとうございます🎍 今年もどうぞよろしくお願いします!

さて、この記事では、IRIS ターミナルに(こっそり)追加された便利機能をご紹介します!(つい最近知りまして、びっくりしましたsurprise

IRIS ターミナルで以前実行したコマンドを再実行する場合、上矢印キーを連打しながらコマンドを探されていると思うのですが、IRIS 2021.1 から履歴表示と、履歴番号を指定した実行ができるようになっていました!

 

では早速、履歴(history)の使い方をご紹介します。これがあれば、もう、上矢印キーを連打せずに以前実行したコマンドを再実行できます!!

 

まずは、履歴を作るため、いくつかコマンドを実行します。​​​

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キーワード: Python、JDBC、SQL、IRIS、Jupyterノートブック、Pandas、Numpy、および機械学習 

1. 目的

これは、デモの目的で、Jupyterノートブック内でPython 3によってIRIS JDBCドライバーを呼び出し、SQL構文でIRISデータベースインスタンスにデータを読み書きする、5分程度の簡単なメモです。 

昨年、私はCacheデータベースへのPythonバインディング(セクション4.7)について簡単に触れました。 そこで、Pythonを使ってIRISデータベースに接続し、そのデータをPandasデータフレームとNumPy配列に読み込んで通常の分析を行ってから、事前処理済みまたは正規化されたデータをML/DLパイプラインに通すためにIRISに書き込む作業においてのオプションと議論について要約しましょう。

すぐに思い浮かぶ簡単なオプションがいくつかあります。

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記事
Hiroshi Sato · 2021年12月28日 2m read
コンパイルフラグについて

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

コンパイル時のフラグや修飾子の記号と意味については、以下ドキュメントをご参照ください。


コンパイルフラグについて【IRIS】

コンパイルフラグについて

 

なお、開発環境のスタジオやVisual Studio Codeでは、開発環境の設定画面でフラグを変更できます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。
 

データ項目の値が”#Deleted"と表示される場合、MS Accessの設定でこの問題を回避することができます(MS Access2016以降)。

MS Accessのオプションより、「大きい数値(BigInt)データ型をサポート」にチェックを入れます。

 

     

設定後、リンクテーブルを一度閉じて、リンクの更新を行います。

 

 

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

MM/DD/YY-hh:mm:ss:fff ( ) 0 [Utility.Event] Purging old application errors

 
こちらのメッセージは、エラーではなく、アプリケーションのエラーログを記録した古い ^ERRORSグローバルのパージ処理が実行された際に出力されるメッセージになります。ログを削除した旨のみを伝えるメッセージであり、出力されていても特に問題はありません。
また、このログは、^ERRORSグローバルのパージ処理がタスク実行される毎日01:00 に出力されます。
 

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

$ZTIMESTAMPはUTC形式で日付時刻を返すため、ローカルのタイムゾーンに変更するためには以下システムオブジェクトを利用します。 

 $SYSTEM.Util.UTCtoLocalWithZTIMEZONE($ZTIMESTAMP)


上記出力結果は ddddd,sssss.fff の形式で出力されます。

    ddddd:$HOROLOGの日付と同じ形式
 sssss:現在の日付の午前 0 時からの経過秒数を示す整数
 fff :秒の小数部を示す可変桁数

※ $HOROLOGに似ていますが、$HOROLOGには秒の小数部分は含まれません。 

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。
 

監査ログをプログラミングで出力するために、監査ログの一覧を取得する%SYS.Audit クラスのListクエリを利用することができます。


サンプルコードは以下のようになります。

 

 Set statement=##class(%SQL.Statement).%New()  
 Set status=statement.%PrepareClassQuery("%SYS.Audit","List")
 Set rs=statement.%Execute()  
 Set tab = $char(9)
 While rs.%Next() {    
   Write rs.%Get("TimeStamp")_tab_rs.%Get("Event")_tab_rs.%Get("Username"),!      
}

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。
 

CSPアプリケーションでは、リクエスト処理時間がサーバー応答タイムアウト値(CSPゲートウェイ管理ページで設定、既定値60 sec)を経過すると、CSPゲートウェイからクライアントブラウザにタイムアウトを通知し、処理を続けているデータプラットフォームサーバプロセスにエラーを発生させます。

 

エラーが発生している処理を確認して頂き、処理遅延の改善、例えばタイムアウトが発生しないように処理内容を見直して応答時間を短くすることや必要に応じてサーバ応答タイムアウト値を大きくすることで対処可能です。

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記事
Toshihiko Minamoto · 2021年12月14日 5m read
Node.jsでのZPMの使用

着想: @Evgeny Shvarovとその記事より
Deploying InterSystems IRIS Embedded Python Solutions with ZPM Package Manager
このアイデアを発展させ、同じことをNode.js.のモジュールで行ってみました。
このケースは、私の「IRIS Native API for Node.js」の例に基づいています。

InterSystems IRIS はクライアントとしてネイティブでWebSocketsをサポートしているというわかりきった返答を期待して:
その通りです。そして、私がその昔書いた関連記事OEXのサンプルへのリンクはこちらです。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。
 

グローバル単位でジャーナルのON/OFF設定を行いたい場合は、グローバルマッピング設定で、
 ・ジャーナルしたいグローバル ⇒ ジャーナルONのデータベースにマッピング)と、
 ・ジャーナルしたくないグローバル ⇒ ジャーナルOFFのデータベースにマッピング
を分けるという方法があります。

例えば、一部のグローバルのみジャーナルしたくない場合には、そのグローバルを IRISTEMP/CACHETEMP データベースにグローバルマッピングすることで、そのグローバルはジャーナルされなくなります。
※IRISTEMP/CACHETEMP データベースは、ジャーナル対象外のデータベースであるため。
   ただし、IRISTEMP/CACHETEMP データベースの内容は、再起動時にクリアされますのでご注意ください。

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キーワード: IRIS、IntegratedML、機械学習、Covid-19、Kaggle 

前のパート1の続き... パート1では、Kaggleに掲載されているこのCovid-19データセットにおける従来型MLのアプローチを説明しました。 

今回のパート2では、IRISのIntegratedMLを使用して、可能な限り単純な形態で同じデータとタスクを実行しましょう。IntegratedMLは、バックエンドAutoMLオプション用に洗練された優れたSQLインターフェースです。 同じ環境を使用します。 

 

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。
 

【 管理ポータルへのパスワード認証設定方法 】

管理ポータルの、
 [ホーム] > [システム管理] > [セキュリティ] > [アプリケーション] > [ウェブ・アプリケーション]
で /csp/sys、および、/csp/sys/ 以下の各アプリケーション(/csp/sys/expなど) の編集画面を開き、“許可された認証方法” の、“パスワード” をチェックして保存します。

 

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

プライベートWebサーバを使用して、HTMLファイルをリクエストした際に、日本語が文字化けする場合があります。
その場合には、HTMLファイルをBOM(バイト・オーダー・マーク)付で保存してください。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

このメッセージが出力される要因は以下の2つになります。

  1. 同じデータに対して適切に排他を行わずに、別々のプロセスから更新が行われている
  2. ロールバックが発生している

詳細は以下の通りです。 メッセージログ/コンソールログに、以下のようなメッセージがある場合、これはロールバック処理にて出力されています。
※バージョンによってメッセージは多少異なります。

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キーワード: IRIS、IntegratedML、機械学習、Covid-19、Kaggle 

目的

最近、Covid-19患者がICU(集中治療室)に入室するかどうかを予測するKaggleデータセットがあることに気づきました。  231列のバイタルサインや観測で構成される1925件の遭遇記録が含まれる表計算シートで、最後の「ICU」列では「Yes」を示す1と「No」を示す0が使用されています。 既知のデータに基づいて、患者がICUに入室するかどうかを予測することがタスクです。

このデータセットは、「従来型ML」タスクと呼ばれるものの良い例のようです。 データ量は適切で、品質も比較的適切なようです。 IntegratedMLデモキットに直接適用できる可能性が高いようなのですが、通常のMLパイプラインと潜在的なIntegratedMLアプローチに基づいて簡易テストを行うには、どのようなアプローチが最も単純なのでしょうか。

 

範囲

次のような通常のMLステップを簡単に実行します。

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キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、X線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部X線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。  デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。 

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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記事
Tomoko Furuzono · 2021年11月28日 5m read
データサイズを調べる方法

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

InterSystems製品のデータ(テーブルの行データ、オブジェクトのインスタンスデータ)は、グローバル変数に格納されています。
各グローバルのデータサイズは、管理ポータル>システム>構成>ローカルデータベース>グローバルのページから参照したいグローバルのプロパティをクリックし、表示されるグローバル属性ページ上のサイズ計算ボタンをクリックすることで個別のグローバルのサイズを取得することができます。
ネームスペース上のグローバルのデータサイズをまとめて表示するには、ターミナル上で^%GSIZEユーティリティを起動することで取得することができます。
実行方法は以下の通りです。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

InterSystems製品開始時に、OSの実行ファイルやコマンド、InterSystems製品内に作成したプログラムを実行したい場合は SYSTEM^%ZSTART ルーチンに処理を記述します。

(%ZSTARTルーチンは%SYSネームスペースで作成します)

 

SYSTEM^%ZSTART に記述する処理は、事前にあらゆる条件下でうまく動作することを確認してください。

 

^%ZSTART ルーチンの記述ミスや、記述は正しくとも起動時にコマンドが応答を返さなかったり処理でエラーが起こった場合、InterSystems製品が起動できなくなることがあります。

 

詳しくは、以下ドキュメントをご参照ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

SELinuxの機能が有効になっているとファイルアクセス時にセキュリティコンテキストのチェックで permission エラーになります。

CSP のページについても同様に permission エラーになっているため、Apache にて 403 Forbidden エラーになります。  

以下の設定でSELinuxの機能を無効にすることで回避できます。

設定ファイル /etc/selinux/config の SELINUX=disableに設定し、OS の再起動を行います。

例:

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

設定内容によって、方法が異なります。
 

システム構成について

管理ポータルの [システム管理] > [構成]

以下の設定については(※1)、パラメータファイル(InterSystems IRISは iris.cpf、Caché/Ensemble/HealthShareは cache.cpf) に格納されます。 

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

タイムアウトを無効にするためには、DSNの設定でクエリタイムアウト無効に設定します。

 

Windowsコントロールパネル > [管理ツール] > [データソース(ODBC)] > [システムDSN]の構成


で クエリタイムアウト無効 にチェックを入れますと、タイムアウトは無効になります。

 

アプリケーション側で変更する場合は、ODBC APIレベルで設定することが可能です。


ODBCのSQLSetStmtAttr関数をコールする際に、SQL_ATTR_QUERY_TIMEOUT属性を設定してから、データソースに接続してください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

バックアップ先に、共有フォルダを指定することは可能ですが、推奨しません。

バックアップの最終フェーズのDBアクセスを禁止する箇所で万一ネットワークエラー等で、バックアップがハングアップすることがあれば、システム全体に影響が及ぶリスクがあります。

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Toshihiko Minamoto · 2021年11月11日 8m read
GitHub Codespaces と IRIS

しばらく前、GitHubはGitHub Codespacesという新しい機能を発表しました。 ブラウザでVSCodeを実行する機能があります。マシンでローカルに実行するのとほぼ同じ性能がありますが、クラウドの能力も備わっているため、最大32CPU、64 GB RAMのマシンタイプを選択することが可能です。

素晴らしいことですね。 でも、このことは、InterSystems IRISで駆動するプロジェクトで作業する上で、どのように役立つのでしょうか。 それをどのように構成するのか見てみましょう。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。


InterSystems製品のプロセスが消費するメモリ領域は以下の6つの領域になります。

プロセスのプライベートな領域

 1. プロセスパーティション(ローカル変数テーブル等、プロセスごとに使用するメモリ)
 2. 長い文字列(LongString)使用メモリ
 3. 文字列スタック...等

プロセス間共有領域

 4. データベースキャッシュ
 5. ルーチンキャッシュ
 6. 一般ヒープメモリ(プロセステーブル、ロックテーブル等)

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開発者の皆さん、こんにちは!

この記事では、【GettingStarted with IRIS】シリーズの MQTT アダプタを簡単に試せるサンプルの利用方法についてご紹介します!

(MQTTブローカーはインターネット上に公開されているテスト用ブローカーを利用しています)​​

サンプルは、こちら👉https://github.com/Intersystems-jp/Samples-MQTT-EKG-Devices (コンテナで動作します)

IRIS/IRIS for Health のバージョン2020.1から、IoT の世界でよく利用される MQTT プロトコルに対応できる MQTT アダプタが追加されました。

MQTTインバウンドアダプタでは、メッセージの Subscribe が行え、MQTTアウトバンドアダプタでは、メッセージの Publish が行えます。

サンプルでは、MQTT を使った遠隔モニタリングをテーマに、患者さんに装着した心電図から心拍数(BPM)をリアルタイムに近い状態で取得し、モニタ画面に患者さん毎の心拍数を表示します(IRIS の MQTT インバウンドアダプタを利用したメッセージの Subscribe をご体験いただけます)。

 

Publish されるトピックについて

サンプルでは、演習環境毎にユニークになるようにコンテナ開始時に以下の形式でトピックを作成しています(末尾の # はワイルドカードの指定です)。

/Student_4629/acmeHospital/EKG/#

実際に Publish されるトピックは患者さんに装着した心電図のデータになるので、# の部分は、Patient-1 や Patient-2 などのように患者さんを特定できる文字列が入ります。

サンプルのシナリオは、1つの医療機関の患者情報を取得する流れにしています(本来であれば複数の医療機関の患者情報をモニタできるようにしたほうが良いのですがシンプルに試すため、1つの医療機関の患者情報を取得する流れにしています)。

 

トピックの流れ

サンプルには1つHTMLファイルが用意されています。このファイルをブラウザで開くと MQTT ブローカーに接続し、データ(心拍数)を1秒ごとにブローカーへ Publish します。

 

IRIS は、MQTTブローカーから指定のトピックを Subscribe します。

 

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MQTT ブローカーを Subscribe する設定を行った IRIS のサービスは、ブローカーからトピックを取得します。

実際の設定は以下の通りです。

 

受信したトピックは IRIS の中では​​​メッセージ(EnsLib.MQTT.Message)として扱われ、次のコンポーネントであるプロセス(図では Process_MQTT_Request)に渡します。

 

プロセスでは、受信した MQTT 用メッセージからモニタ表示に利用するデータ(Solution.HeartRate)に変換するため、データ変換を呼び出します。

プロセスエディタの開き方と、中で行われているデータ変換の呼び出しの設定を確認する方法は以下の通りです。

 

患者ごとの測定値を参照する流れ

MQTT ブローカーから Subscribe した心拍数をリアルタイムに近い状態で画面表示するため、データ変換で作成された Solution.HeartRate から1秒ごとに患者ごとの心拍数を収集し、画面に表示しています。

 

この表示を行うため、1秒間隔で Solution.HeartRate に対するSELECT文が実行されています。

このクエリを実行しているのが、メトリックと呼ぶクラスです。プロダクションでは以下の場所に設定されています。

メトリックでは、指定の呼び出し間隔で Solution.HeartRate から患者ごとの BPM を収集しています。詳細はソースコードをご参照ください。

 

 

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