キーワード: IRIS、IntegratedML、機械学習、Covid-19、Kaggle

目的

最近、Covid-19患者がICU（集中治療室）に入室するかどうかを予測するKaggleデータセットがあることに気づきました。 231列のバイタルサインや観測で構成される1925件の遭遇記録が含まれる表計算シートで、最後の「ICU」列では「Yes」を示す1と「No」を示す0が使用されています。 既知のデータに基づいて、患者がICUに入室するかどうかを予測することがタスクです。

このデータセットは、「従来型ML」タスクと呼ばれるものの良い例のようです。 データ量は適切で、品質も比較的適切なようです。 IntegratedMLデモキットに直接適用できる可能性が高いようなのですが、通常のMLパイプラインと潜在的なIntegratedMLアプローチに基づいて簡易テストを行うには、どのようなアプローチが最も単純なのでしょうか。

範囲

次のような通常のMLステップを簡単に実行します。

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

%SQL.Util.Proceduresクラスの CSV() プロシジャを使用することにより、実現できます。
下記が使用例のコードとなります。（test.csvというファイルが c:\temp にあるという前提）

サポートではこのような質問をたまに受けることがあります。何かが、または誰かが、想定以上のライセンスを使用しており、それを調べなければなりません。

調べるタイミングは2回あります。 1 つは、アプリケーションが動作しないか、ターミナル経由で接続しようとすると次のような「愛くるしい」メッセージが表示され、ライセンスが使い果たされていることに気づいたときです。

<LICENSE LIMIT EXCEEDED> メッセージ:

2 つ目のタイミングは、アプリケーションを使用できなかったことがあったという苦情をエンドユーザーから受けたときですが、問題が発生しているのを確認するには遅すぎます。 こういった場合には通例、messages.log に「License Limit exceeded xxxx times」というメッセージが確認されます。

しばらく前、IRIS 用 Django の新しいドライバーを導入しました。 そこで実際に、IRIS で Django を使用する方法を見てみましょう。

腎臓病は、医学会でよく知られるいくつかのパラメーターから発見することが可能です。 この測定により、医学界とコンピューター化されたシステム（特に AI）を支援すべく、科学者である Akshay Singh は、腎臓病の検出/予測における ML アルゴリズムをトレーニングするための非常に便利なデータセットを公開しました。 このデータセットは、ML の最大級のデータリポジトリとして最もよく知られている Kaggle に公開されています。https://www.kaggle.com/datasets/akshayksingh/kidney-disease-dataset

データセットについて

腎臓病データセットには、以下のメタデータ情報が含まれています（出典: https://www.kaggle.com/datasets/akshayksingh/kidney-disease-dataset）

本記事は、あくまで執筆者の見解であり、インターシステムズの公式なドキュメントではありません。

IRISのoAuth2機能関連の情報発信は既に多数ありますが、本稿では
- 手順(ほぼ)ゼロでひとまず動作させてみる
- 設定の見通しを良くするために、役割ごとにサーバを分ける
- 目に見えない動作を確認する
- クライアント実装(PythonやAngular,CSPアプリケーション等)と合わせて理解する
- シングルサインオン/シングルログアウトを実現する

ということを主眼においています。

コミュニティ版で動作しますので、「とりあえず動かす」の手順に従って、どなたでもお試しいただけます。

現状、使用IRISバージョンはIRIS 2023.1のプレビュー版になっていますが、ソースコードは適宜変更します。

手順に沿ってコンテナを起動すると下記の環境が用意されます。この環境を使用して動作を確認します。

ユーザエージェント(ブラウザ)やPython/curlからのアクセスは、全てApache (https://webgw.localdomain/) 経由になります。青枠の中のirisclient等の文字はコンテナ名(ホスト名)です。

例えば、irisclientホストの/csp/user/MyApp.Login.clsにアクセスする場合、URLとして

 https://webgw.localdomain/irisclient/csp/user/MyApp.Login.cls

と指定します。

つまり、各エンドポイントは同一のorigin (https://webgw.localdomain) を持ちます。そのため、クロスサイト固有の課題は存在しません(カバーされません)が、仮に各サーバが別のドメインに存在しても基本的には動作するはずです。

oAuth2/OIDC(OpenID Connect)の利用シーンは多種多様です。

本例は、認証・認可サーバ,クライアントアプリケーション,リソースサーバの全てがIRISで実行されるクローズドな環境(社内や組織内での使用)を想定して、認可コードフロー(Authorization Code Flow)を実現します。分かりやすい解説が、ネットにたくさんありますので、コードフロー自身の説明は本稿では行いません。

認証・認可サーバの候補はIRIS, WindowsAD, Azure AD, AWS Cognito, Google Workspace, keycloak, OpenAMなどがあり得ます。個別に動作検証が必要です。

クライアントアプリケーション(RP)は、昨今はSPAが第一候補となると思いますが、利用環境によっては、SPA固有のセキュリティ課題に直面します。

IRISには、Confidential Clientである、従来型のWebアプリケーション(フォームをSubmitして、画面を都度再描画するタイプのWebアプリケーション)用のoAuth2関連のAPI群が用意されています。

そこで、Webアプリケーション(CSP)を選択することも考えられますが、クライアント編では、よりセキュアとされるSPA+BFF(Backend For Frontend)の構成を実現するにあたり、Webアプリケーション用APIをそのまま活用する方法をご紹介する予定です。

以下、サーバ編の動作確認には、CSPアプリケーションを使用しています。これは、新規開発にCSP(サーバページ)を使用しましょう、という事ではなく、BFF実現のために必要となる機能を理解するためです。BFFについては、クライアント編で触れます。BFFについては、こちらの説明がわかりやすかったです。

リソースサーバの役割はデータプラットフォームであるIRISは最適な選択肢です。医療系用のサーバ機能ですがFHIRリポジトリはその良い例です。本例では、至極簡単な情報を返すAPIを使用しています。

少しの努力でFHIRリポジトリを組み込むことも可能です。

サーバ編とクライアント編に分けて記載します。今回はサーバ編です。

とはいえ、クライアントとサーバが協調動作する仕組みですので、境界は少しあいまいです

Apache経由でREST通信する場合、ApacheでRESTを動かす場合の設定方法 (含：Webゲートウェイのインストール手順) の方法 で設定を行います。

この際、Apachの構成ファイル（httpd.conf）にRESTを動かすための設定を入れるのですが、設定後のシンタックスチェックで以下の警告が出る場合があります。

※httpd -t 実行時
Apache Configuration: CSP directive 'csp' detected in VirtualHost, only supported at default server level

こちらは、<VirtualHost> ～ </VirtualHost> 内に、CSP ディレクティブ の内容を設定している場合に出力されます。

CSP on
CSPFileTypes *

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems IRIS との通信に SSL/TLS を使用する際のクライアントの構成は、使用する技術によって変わってきます。

1. ODBCクライアント、IRISクライアントから接続の場合（IRISスタジオやターミナルなど）
2. .NET クライアントから接続の場合（SSLDefs.iniは要りません）

★１．ODBCクライアント、IRISクライアントから接続の場合（IRISスタジオやターミナルなど）

ODBCやIRISクライアントから接続する場合は、以下の記事にある設定が必要となります。
具体的には、SSLDefs.iniという設定ファイルを作成し、決められた場所に配置します。

先週、私たちはInterSystems IRIS Data Platformを発表しました。これは、トランザクション、分析、またはその両方に関係なく、あらゆるデータの取り組みに対応する新しい包括的なプラットフォームです。 CachéとEnsembleでお客様が慣れ親しんでいる多くの機能が取り込まれていますが、この記事では、プラットフォームの新機能の1つであるSQLシャーディングについてもう少し詳しく説明します。これはスケーラビリティに関する強力な新機能です。

この連載記事では、InterSystemsデータプラットフォーム用のPython Gatewayについて説明します。 また、InterSystems IRISからPythonコードなどを実行します。 このプロジェクトは、InterSystems IRIS環境にPythonの力を与えます。

• 任意のPythonコードを実行する
• InterSystems IRISからPythonへのシームレスなデータ転送
• Python相互運用アダプタでインテリジェントな相互運用ビジネスプロセスを構築する
• InterSystems IRISからのPythonコンテキストの保存、調査、変更、復元

その他の記事

現時点での連載計画です（変更される可能性があります）。

• パート I：概要、展望、紹介
• パート II：インストールとトラブルシューティング
• パート III：基本機能
• パート IV：相互運用アダプタ
• パート V：Execute関数
• パート VI: Jupyter Notebook <-- 現在、この記事を参照しています
• パート VII：動的ゲートウェイ
• パート VIII：プロキシゲートウェイ
• パート IX：使用事例とML Toolkit

はじめに

Jupyter Notebookは実コード、数式、図、説明文を含むドキュメントを作成および共有できるオープンソースのWebアプリケーションです。

この拡張機能を使用すると、InterSystems IRIS BPLのプロセスをJupyterノートブックとして参照および編集できます。

これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

2つのステップにて作業します。

クラス定義の移行

クラス定義を別システムへ移行するため、XML形式またはUDL形式（拡張子.cls）のファイルにエクスポートします。

スタジオでのエクスポート手順は以下の通りです。

[ツール] > [エクスポート]

> [追加]ボタンで移行したいクラスを複数選択

> [ローカルファイルにエクスポート]にチェック

> ファイルの種類がXMLであることを確認し、ファイル名を入力し、[OK]

この後、別システム上のスタジオで、エクスポートしたXML、UDLファイルをインポートします。

この手順で、クラス定義は移行できます。

スタジオでのインポート手順は以下の通りです。

[ツール] > [ローカルからインポート]

> 上記手順で出力したXML、UDLファイルを指定します。

これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

1. エクスポートAPI

a. ルーチンを個別に指定してエクスポートする場合は、$system.OBJ.Export() を使用します。

例:

指定する形式は ルーチン名.拡張子 で、拡張子は mac,bas,int,inc,obj を指定します。

エクスポート中のエラーは errors に格納されます。

$system.OBJ.Export() の詳細はクラスリファレンス %SYSTEM.OBJ を参照してください。

b.　ワイルドカードを使用してエクスポートする場合にも、$system.OBJ.Export() を使用します。
例:

InterSystems IRIS デプロイガイド - AWS CloudFormation テンプレート

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

永続クラス（＝テーブル）定義に提供される %BuildIndices() メソッドの引数に、インデックスを再構築したい ID の開始値と終了値を指定することにより、その範囲内のインデックスのみが再構築できます。

例えば、Sample.Person クラスにある NameIDX インデックスと ZipCode インデックスを ID=10～20 のみ再構築する場合は、以下のように実行します（ID の範囲は、第5引数、第6引数に指定してます）。