キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、X線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部X線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

グローバル単位でジャーナルのON/OFF設定を行いたい場合は、グローバルマッピング設定で、
 ・ジャーナルしたいグローバル ⇒ ジャーナルON(「はい」)のデータベースにマッピング
 ・ジャーナルしたくないグローバル ⇒ ジャーナルOFF(「いいえ」)のデータベースにマッピング
と、分けることで可能です。 但し、通常のデータベースは、ジャーナルOFF設定であっても、トランザクション中の更新についてはジャーナルファイルに記録されます。

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この記事では、InterSystems IRIS プラットフォームを使用して基本的な IMAP クライアントを記述する方法を説明します。 はじめに IMAP の概要を確認してから、本題の IMAP コマンドとクライアント実装について説明します。 最後に、IRIS 相互運用性アプリケーションでこの IMAP クライアントを簡単に使用します。

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記事
· 2022年3月29日 1m read
SQLでのNULLデータの取り扱い

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

SQLの場合、NULLデータと空文字列 ('')は区別されます。
それぞれの設定・確認方法は、以下のようになります。

(1) NULLデータ

【SQL】

insert into test (a) values (NULL)
select * from test where a IS NULL

【InterSystems ObjectScript】

set x=##class(User.test).%New()
set x.a=""

(2) 空文字列 ('')

【SQL】

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Raspberry を FHIRserver として実行する

一年ほど前、
Raspberry Pi での HAPI FHIRserver のインストールに関する記事を書きました。 当時、FHIR 標準の基本しか知らず、FHIR サーバーの背後にあるテクノロジーや Raspberry についてほとんど知りませんした。 試して、失敗して、諦めて、もう一度試すことで、たくさんのことを学びました。

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Postgres から IRIS にデータとデータスキーマを転送または移行する必要がある場合があります。 これを現時点で実行するにはいくつかのオプションがありますが、最も一般的なオプションは、DBeaver(https://openexchange.intersystems.com/package/DBeaver)または SQLGateway を使用する 2 つの方法です。 最初のオプションはこの記事で紹介しますが、2 つ目のオプションは Robert Cemper が書いた「SQLgateway を使ったデータベース移行」(https://community.intersystems.com/post/db-migration-using-sqlgateway)という優れた記事で紹介されています。この記事では、DBeaver を使った移行の実行方法を説明します。

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プログラムによる本番環境アクセス

プログラムで本番環境(インターフェース)を編集するには、相互運用性 apis と SQL クエリを組み合わせて使用できます。

現在のネームスペース

大まかに言えば、その時点で作業しているネームスペースと本番環境を知ることが重要です。

// Object script 
// アクティブなネームスペースはこの変数に格納される
$$$NAMESPACE 
// ネームスペースを出力
Write $$$NAMESPACE
# Python
import iris
# このメソッドからアクティブなネームスペースが返される
iris.utils._OriginalNamespace()
# ネームスペースを出力
print(iris.utils._OriginalNamespace())
>>> DEMONSTRATION

現在の本番環境(アクティブまたは最後に実行した本番環境)

本番環境の名前を知ることも重要です。次の API を使用してネームスペース内のアクティブな本番環境を取得できます。

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母体リスクは、医学界でよく知られているいくつかのパラメーターから測定できます。 この測定により、医学界とコンピューター化されたシステム(特に AI)を支援すべく、科学者である Yasir Hussein Shakir は、母体リスクの検出/予測における ML アルゴリズムをトレーニングするための非常に便利なデータセットを公開しました。 このデータセットは、ML の最大級のデータリポジトリとして最もよく知られている Kaggle に公開されています。

https://www.kaggle.com/code/yasserhessein/classification-maternal-health...

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Caché/Ensemble 時代からご使用のお客様にはなじみの機能だと思いますが、IRISには「システムがインスタンスのメッセージログ/messages.log(Cachéの場合は コンソールログ/cconsole.log) を監視し、ログ・レベル2(重大なエラー) 以上 のアラートを受け取るとメールを送信する」ログ・モニター機能があります。
この機能を使用すると、アラートログ (alerts.log)へのログ書き込み管理のほかに、メールを送信することもできます。

メール送信の設定は、^MONMGR ユーティリティを使用して簡単に行えます。

以下に、サンプルをご案内します。

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本番環境でのopenhl pythonモジュールの使用に関する作業の説明の続きです。

Embedded Pythonを搭載しているirisは、まだ最終リリースがされていません(原文投稿当時)が、現時点で本番で使用する必要があります。 そこで、リクエストをxlsxファイルにエクスポートするサービスは別サーバーにバックアップし、クエリ結果は別データベースのグローバルに保存することにしました。

このデータベースは、ネットワーク化され、サービスサーバーはローカル、本番サーバーはリモートとしています。本番サーバー、サービスサーバ間のコミュニケーションは、REST サービスを使って実装しています。

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InterSystems IRIS 2020.1 には、重要なアプリケーションの構築を支援する新機能と機能改善が多数盛り込まれています。 2019.1 から 2020.1 までに行われた多数の大幅なパフォーマンス改善のほかに、最近の SQL の歴史において最も大きな変更点の 1 つであるユニバーサルクエリキャッシュ(UQC)が導入されています。 この記事では、SQL ベースのアプリケーションに対するそのインパクトについて、技術的な観点で詳しく説明しています。

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記事
· 2023年3月3日 3m read
ジャーナル圧縮機能について

2022.1 及び 2021.2 から 新たにジャーナルファイルの自動圧縮機能がサポートされました。
この機能によって、わずかなCPUコストでジャーナルファイルが占有するDisk容量を大幅に削減する事が可能になります。
実際のお客様環境でジャーナル・ファイルの圧縮率85%という非常に高い効果が確認出来たケースもございます。
(圧縮効果はジャーナル・ファイルに記録される更新データの内容に依存します)
圧縮はミラージャーナル・ファイルに対しても行われます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

管理ポータル:システムエクスプローラの使用には、%DevelopmentリソースのUse特権が必要です。
システムエクスプローラでの参照のみ利用可能とする権限をユーザに付与したい場合は、%DevelopmentリソースのUse特権(※1)と、該当のデータベースリソース(※2)への参照特権(R)を付与したロールを作成し、これをユーザに与えます。
※1.「%Development:U」を付与している場合はターミナルやスタジオも参照のみで使用可能となります。
※2.参照したいデータベースに割り当てられているリソースが%DB_DEFAULTリソースになっており、このデータベースのみに参照権限を設定したい場合は、事前に、このデータベース用の独自リソース(%DB_<データベース名>)を作成し、該当データベースに割り当てるようにします。

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Azure ADをOPとして利用する

元のタイトルから外れますがAzure ADをOPとした場合に、Wepアプリケーション(CSP)とSPA+BFF形式のRPにどのような修正が必要かを調べました。
ある程度の差異は想定はしていましたが、思っていたより違うな、という印象を受けました。RP、リソースサーバ側でこれらの差異を吸収する必要がありました。

個人調べです。誤りがあるかもしれませんが、その際はご容赦ください。また、状況は刻々と変わる可能性があります。

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この記事では、.Net/Java ゲートウェイを簡単にコンテナ化する方法を説明します。

この例では、Apache Kafka との統合を開発します。

Java/.Net と相互運用するために、PEX を使用しています。

アーキテクチャ

このソリューションは完全に docker で実行し、以下のように構成されます。

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最近人気上昇中のプログラミング言語Python、ご存じのとおりIRISでは2通りの使い方が出来ます。

組み込みPython(Embedded Python)

PythonコードはIRISプロセス内でObjectScriptコードと並列に実行

具体的には

  1. IRISクラス内のメソッド
  2. SQL関数とストアドプロシージャ
  3. ターミナルからPythonシェルを起動
  4. irispythonコマンド実行

が該当します。

ネイティブAPI(Native API)

IRISの外からグローバルへのアクセス、クラスメソッドを呼び出し

上の4種類以外は全てネイティブAPIを使用します。

Pythonコードが実行される場所でIRISへのアクセス手段が決まりますが、ライブラリ名が双方とも”iris”のため注意が必要です。

* 従来からのirisnativeはDeprecated(非推奨)となりました

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以下は、InterSystems IRIS で使用するデータベース、ネームスペース、および Web アプリケーションを作成できる ObjectScript スニペットです。

    set currentNS = $namespace

    zn "%SYS"

    write "Create DB ...",!
    set dbName="testDB"
    set dbProperties("Directory") = "/InterSystems/IRIS/mgr/testDB"
    set status=##Class(Config.Databases).Create(dbName,.dbProperties)
    write:'status $system.Status.DisplayError(status)
    write "DB """_dbName_""" was created!",!!


    write "Create namespace ...",!
    set nsName="testNS"
    //グローバルの DB
    set nsProperties("Globals") = dbName
    //ルーチンの DB
    set nsProperties("Routines") = dbName
    set status=##Class(Config.Namespaces).Create(nsName,.nsProperties)
    write:'status $system.Status.DisplayError(status)
    write "Namespace """_nsName_""" was created!",!!


    write "Create web application ...",!
    set webName = "/csp/testApplication"
    set webProperties("NameSpace") = nsName
    set webProperties("Enabled") = $$$YES
    set webProperties("IsNameSpaceDefault") = $$$YES
    set webProperties("CSPZENEnabled") = $$$YES
    set webProperties("DeepSeeEnabled") = $$$YES
    set webProperties("AutheEnabled") = $$$AutheCache
    set status = ##class(Security.Applications).Create(webName, .webProperties)
    write:'status $system.Status.DisplayError(status)
    write "Web application """webName""" was created!",!

    zn currentNS

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それでは、今回はより具体的にReact開発方法について解説します。

ショップデモのリポジトリの配下にreactというディレクトリがあります。

この下にReactのコードがあります。

ここのreact-setup.mdに記載されている通り、前準備としてreactのテンプレートを作ります。

npx create-react-app shopdemo --template typescript

あとはこのReactプロジェクトを動かすためのライブラリのインストールを行います。

詳細は、react-setup.mdに書いてあります。

まず3つのディレクトリがあって、これは絶対こうしなければならないというものでもないのですが、基本的なお作法として用意するのが一般的なようです。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

ユーザに権限を与えたい場合、「GRANT」コマンドや「GrantPrivilegeメソッド」を使用しますが、ロールに対しても権限を与えることができます。

例えば、特定スキーマにのみ何でもできるロールを作成し、それを特定のユーザに割り当てるようなことが可能となります。

こちらの記事では、その方法をご紹介します。


(1) GrantPrivilegeメソッドを使用して「スキーマXXX に何でもできるロール」を作成し、
(2) 該当ユーザに (1) のロールを割り当てる



★GRANT文を使う場合

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ここ数年の間、ハイパーコンバージドインフラストラクチャ(HCI)ソリューションが勢いを増しており、導入件数が急速に増加しています。 IT部門の意思決定者は、VMware上ですでに仮想化されているアプリケーションなどに対し、新規導入やハードウェアの更新を検討する際にHCIを考慮に入れています。 HCIを選択する理由は、単一ベンダーと取引できること、すべてのハードウェアおよびソフトウェアコンポーネント間の相互運用性が検証済みであること、IO面を中心とした高いパフォーマンス、単純にホストを追加するだけで拡張できること、導入や管理の手順が単純であることが挙げられます。

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· 2020年7月28日 2m read
Python Gateway パート V:Execute関数

この連載記事では、InterSystemsデータプラットフォーム用のPython Gatewayについて説明します。 また、InterSystems IRISからPythonコードなどを実行します。 このプロジェクトは、InterSystems IRIS環境にPythonの力を与えます。

  • 任意のPythonコードを実行する
  • InterSystems IRISからPythonへのシームレスなデータ転送
  • Python相互運用アダプタでインテリジェントな相互運用ビジネスプロセスを構築する
  • InterSystems IRISからのPythonコンテキストの保存、調査、変更、復元

その他の記事

現時点での連載計画です(変更される可能性があります)。

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作成者:Daniel Kutac(InterSystems セールスエンジニア)
注意: _使用されている URL に戸惑っている方のために元の連載記事では、dk-gs2016 と呼ばれるマシンの画面を使用していました。 新しいスクリーンショットは別のマシンから取得されています。 *WIN-U9J96QBJSAG という URL は dk-gs2016*_ であると見なしても構いません。

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こんにちは!

この記事では、IRIS から Caché、Ensemble、HealthShare など、InterSystems の製品で使用されるクラスやその構造を理解するのに役立つツールの概要を簡単にまとめています。

つまり、そのツールはクラスやパッケージ全体を視覚化し、クラス間の相対関係を示し、ディベロッパーやチームリーダーに必要な情報をすべて提供してくれるので、わざわざ Studio に移動してコードを調べる必要が省けます。

InterSystems の製品について情報を集めている方からたくさんのプロジェクトをレビューしている方、または単純に InterSystems Technology ソリューションの新機能に興味がある方まで、ObjectScript Class Explorer の概要をぜひお読みください!

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企業は変化の激しい業界で競争力を維持するため、イノベーションを起こす必要があります。 この製品は企業が迅速かつ安全な意思決定を行い、より正確な将来の実績を目指せるようにします。
ビジネスインテリジェンス(BI)ツールは、企業が試行錯誤に頼ることなくインテリジェントな意思決定を行うのに役立ちます。 このようなインテリジェントな決定は市場で成功するか失敗するかを決定付けます。
Microsoft Power BI は業界をリードするビジネスインテリジェンスツールの 1 つです。 Power BI では数回クリックするだけでマネージャーやアナリストが企業のデータを簡単に探索できます。 これは重要なことです。容易にデータにアクセスして視覚化できれば、それがビジネス上の意思決定に使用される可能性が高くなるからです。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です

Windowsでは、以下イメージ名のプロセスを監視対象としてください。

[irisdb.exe]
重要なシステムプロセスが含まれています。
※ 監視対象にすべき重要なシステムプロセスを確認する方法は、添付をご参照ください。

[IRISservice.exe]
IRISインスタンスをサービス経由で扱う為のプロセスになります。
このプロセスが終了すると、IRISインスタンス自体には直接影響はありませんが、IRIS の停止(サービスの停止)ができなくなります。

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以前紹介した記事 (お読みいただいたでしょうか) では、GitHub とパーフェクトに統合する CircleCI のデプロイシステムについてカバーしました。 なのにどうしてさらに掘り下げる必要があるのか? それは、GitHub には GitHub Actions という独自の CI/CD プラットフォームがあり、詳しく見ておく価値があるからです。 GitHub Actions を使えば、外部のサービスを使用する必要はありません。

この記事では、GitHub Actions を使って InterSystems Package Manager のサーバー部分である ZPM-registry を Google Kubernetes Engine (GKE) にデプロイする、ということを試したいと思います。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータルから行う手動のパージ(Purge)と、タスクを利用する方法があります。

データを手動でパージするには、[Interoperability] > [管理] > [管理データの削除] ページを使用します。
(このページではバックグラウンド・ジョブとしてパージを実行しますので、ページがタイムアウトしても問題ありません。)

タスクでパージする場合は、[システムオペレーション] > [タスクマネージャ] > [新しいタスク] の画面でInteroperabilityプロダクションのネームスペースを指定し、タスクタイプに「Ens.Util.Tasks.Purge」を指定します。

タスクの場合は、「TypesToPurge」の項目で以下のパージ対象タイプを選択できます(図参照)。

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デベロッパーの皆さん、こんにちは!
InterSystems Package Manager (ZPM) は、素晴らしいツールですが、インストールせずにすぐ使用できたら、さらに便利です。

それを実現する方法はいくつかあります。以下に dockerfile を使って ZPM をビルドした IRIS コンテナを用意する方法をご紹介します。

リポジトリを作成し、そのdockerfile に数行のコードを記述しました。これを使えば、最新バージョンの ZPM をダウンロードし、インストールできます。

IRIS コミュニティエディション用のあなたの dockerfile にこれらのコマンドを追加すれば、ZPM がインストールされ、使用できるようになります。

最新の ZPM クライアントをダウンロードするコマンドは以下の通り。

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