記事
Toshihiko Minamoto · 2022年4月19日 9m read

Raspberry Pi Raspberry で InterSystems Iris Fhirserver を実行する

Raspberry を FHIRserver として実行する

一年ほど前、
Raspberry Pi での HAPI FHIRserver のインストールに関する記事を書きました。 当時、FHIR 標準の基本しか知らず、FHIR サーバーの背後にあるテクノロジーや Raspberry についてほとんど知りませんした。 試して、失敗して、諦めて、もう一度試すことで、たくさんのことを学びました。

1 年以上が経ち、いまだに「忍耐力に長けるアマチュア」ではありますが、その間、FHIR のフル環境を Raspberry で構築し、HTML/JavaScript/jQuery/Bootstrap によるアプリケーションや PHP アプリケーションを多数作成してきました。 Raspberry の認証サーバーや承認サーバーについてもいくらか経験し、SMART on FHIRを使った実験も行いました。

最後の機能しなかったバージョンと、明らかに私が作成した成功バージョンの違いが判らないまま動作することもありましたが、作業や実験のほとんどは動作しました。 今でも驚いています。 振り返ると、システム開発について適切に学習しておくべきだったと思います(私は山林学専攻で卒業し、現在はその分野を中心にボランティア活動を行っています。 まぁ、本題からは外れてしまいますが)。

Raspberry Pi は実験には十分ですが、本稼働には適していないことに注意してください。 したがって、信頼性、継続性、セキュリティ、プライバシーといった要素が必要である、または期待されているヘルスケアなどの分野で、Raspberry を本稼働システムとして使用しないでください。 実験目的では完璧で安価なコンピュータであり、幾度も私の期待を超えていますが、「産業耐久性」に欠けています。

InterSystems FHIRserver

入手しやすさと、非常に早い段階で結果を得られたことを理由に、当時 HAPI FHIR を選択しました。 以前の同僚で、現在では InterSystems に勤めている人から、InterSystems の FHIRserver でも試用することをすでに提案されていました。

InterSystems については非常によく知っており(というより、「i.know」と言うべきでしょうか 😉)、面白そうに思えましたが、当時、一年以上前は、ARM プロセッサ向けに適したバージョンの Iris は存在していませんでした(Raspberry は ARM で動作します)。 それとは別に、Iris の Community バージョンは Docker コンテナとして配布されていましたが、私には Docker に関する知識がまったくありませんでした。

Raspbian から Ubuntu へ

それから 1 年が過ぎました。 現在では、さらに強力になった新しい Raspberry Pi が登場しています(在庫のある限り…)。 新しい Raspberry 4 は、Raspberry 3 と同様に、64 ビット Unix をサポートしています。 IRIS Community バージョンは ARM にも対応しており、コンテナと Docker についてもいくらかさらに学習しました。

こういった改善すべてを基に、昨年の年末にオランダで施行されたわけのわからない「ロックダウン」が、IRIS Community バージョンを Raspberry Pi で実行させる新しい実験を開始するチャンスとなりました。

振り返ると、これは非常に簡単なことでした。 実際、注意すべき点は 3 つしかありません。

  1. 64 ビットをサポートする Raspberry が必要です。 つまり、Raspberry 3 または 4 が必要となります。
  2. (64 ビット)Raspbian ではうまくいきませんでした(ちなみに非常に新しいものです)。 しかし、64 ビット Ubuntu では成功しました。
  3. InterSystems FHIRserver は、HAPI FHIRserver よりも FHIR 呼び出しに関して厳格さが増しているようです。 これについては別の機会に説明しますが、これを悪いことだとは思っていません。 (ヘルス)ケア環境における中央リポジトリであるため、標準について厳格である必要があるためです。そうでなければ、「ガベージイン・ガベージアウト」になってしまうでしょう。

それでも、HAPI FHIRserver でうまく実行していたアプリケーションが IRIS では失敗することを理解するのには、いくらか時間がかかりました。 ネタバレ注意: 問題は私のアプリケーションにありました。

それにしても、Raspberry Pi のような、100 ユーロもかからない小さなコンピュータで、InterSystems IRIS フルプラットフォームが実行し、管理ポータル、Ensemble、Caché、そして FHIRserver が備わっているのを目の当たりにするのは、楽しく本当に価値以上の価値があります。

以降では、そこに至るまでに私が行ったことを、順を追って説明します。 Ubuntu の歴史、Docker の背後の意ある哲学など、長々とした話にはなりません。 そちらの方に関心のある方は、インターネットをご覧ください。 ここでは「楽しく進められるフロー」に焦点を当て、どこで初めて間違ったのかについて言及する場合にのみ、注釈したいと思います。

InterSystems FHIRserver のインストール

フェーズ 1: Ubuntu 64 ビット

  1. SD カードをフォーマットし、そこに ARM プロセッサ用 64 ビット Ubuntu を配置します。 私の場合、圧縮バージョンの名前は「ubuntu-20.04.3-preinstalled-server-arm64+raspi.img.xz」でした。これは http://cdimage.ubuntu.com にあります。 (もちろん、SD カードに置く前に、.img ファイルを解凍する必要があります!)

RaspberryPi-imager は、誤ったバージョンを提供するため、使用しないでください。 私は Win32DiskImager を使用しました。

  1. 新しいイメージで Raspberry を開始します。 ubuntu-account のパスワードを変更します(そして記憶しましょう!)。 あくまでも ubuntu-account のパスワードです。

  2. この時点で Raspberry は Ubuntu で実行していますが、まだ準備はできていません

以下を見てください。

この Ubuntu-version はまだ 32 ビットになっています!

今すぐこれを直しましょう。

  1. Pi にログインします。

  2. sudo rpi-update

  3. sudo reboot now

  4. sudo copy /boot/config.txt /boot/config-ok.txt(検出したエラーを逃してしまった場合に備えます)

  5. sudo nano /boot/config.txt   [pi4] の下に次のテキストを追加します: arm_64bit=1

  6. boot/config.txt を保存します。(nano で: <ctrl>O )

  7. nano を終了します。(<ctrl>X)

  8. sudo reboot now

これで、64 ビットで実行するようになりました。 自分で確認してみましょう:

Pi のIP アドレスをメモし(sudo hostname -I。I は大文字のアイです)、Ubuntu では SSH はデフォルトで有効になっているため、別の場所に保管しておきます。

フェーズ 2: Docker

  1. sudo curl -fsSL https://get.docker.com -o get-docker.sh

  2. sudo sh get-docker.sh 

しばらくすると、これは、「non-priviledged user」として使用することに関する Docker の詳細な通知が得られます。

  1. sudo usermod -aG docker $USER

  2. ログオフしてから、もう一度ログインします。

  3. docker container run hello-world

Docker はシステム上の「hello-world」イメージを探すようになりました。 見つからない場合は、Docker リポジトリからダウンロードします。 その後、Docker はイメージを Pi 上のコンテナに配置し、「hello-world」イメージを開始します。

Docker の別のテキストブロックで、「Hello from Docker」のウェルカムメッセージと共に確認できます。

フェーズ 3: InterSystems の IRIS FHIRserver の Docker イメージ

1.  以下のコマンドを一度に発行します。

sudo docker run --name my-iris -d --publish 9091:1972 --publish 9092:52773 containers.intersystems.com/intersystems/irishealth-community-arm64

多数のイベントが順に発生します。

  • Docker は Irishealthから「community edition」を取得し、それをローカルの Docker リポジトリに配置します。
  • Docker は「my-iris」という Docker コンテナで Community エディションを起動します。
  • Docker はコンテナで実行している IRIS のポート 1972 を Raspberry のポート 9091 にマッピングします。
  • 同じパターンに従って、IRIS のポート 52773(コンテナ内)は Raspberry のポート 9092 になります。

以下のようにすると、何が起きたのかを確認できます。

  1. sudo docker container ls  ただし、これを確認するには別のはるかに印象的な方法があります。

フェーズ 4: InterSystems IRIS for Health Fhirserver の起動

ネットワークで Web ブラウザを起動します。英語版 PC の場合は次の場所に移動してください。

     <Raspberry の IP アドレス>:9092/csp/sys/UtilHome.csp_ .

IRIShealth の管理ポータルが表示されます。 このポータルは、自動的にPC の言語設定に調整されます。

標準アカウントは _SYSTEM(先頭のアンダースコアを含む)で、初回パスワードは SYS(アンダースコアはありません)です。 IRIS からすぐにパスワードを変更するように求められます。

これで、次に記載されている指示に従って IRIS for Health FHIRserver を構成し、起動できるようになりました。https://docs.intersystems.com/irisforhealthlatest/csp/docbook/DocBook.UI...

「Foundation」を構成して「Endpoint」(FHIR 3 または 4)を定義する必要があります。

「Endpoint」は、FHIRserver にアクセスできる URI となります。 私の場合は、http://192.168.1.29:9092/csp/healthshare/fhironpi/fhir/r4/Patient にある「Patient」リソースです(外部からはアクセスできません!)。

まとめ

手間を取る価値があったでしょうか? そのとおり!それ以上の価値があります。 まず、それほどの手間はありませんでした。 Raspbian ではうまくいきませんでしたが、それは簡単に解決しました。 そして、IRIS-for-health プラットフォームを Raspberry Pi のようなデバイスで実行できるのは素晴らしいことです。 ダッシュボード(DeepSee)、データ変換ツール、Ensemble(Enterprise Service Bus とその他多数のツール)、CSP ページ、および Caché(多次元データベース)すべてを実験できるようですし、自然言語処理の I.know も管理ポータルに表示されています。 IRIS-for-health プラットフォームには、FHIRserver 単体よりもはるかに多くの機能が備わっており、1 つの記事ではとても説明しきれません。

私個人としては、ほぼリリース直後から Ensemble を使用してきましたし(アーキテクトとして)、それとは別に、IRIS-for-health の起源は 20 世紀後半だったため、思い入れがあります。 ヘルスケアアプリケーション向け MUMPS 開発環境(MUMPS/マンプス: マサチューセッツ総合病院ユーティリティマルチプログラミングシステム)は、ほとんどが Digital Corp の Vax コンピュータシステムで実行されていたのですが、私の IT キャリアが始まったのも同時期なのです。

MUMPS、Caché、Ensemble、そして今日には IRIS-for-Health プラットフォームの安定性は非常に高く、必要なサポートとメンテナンスは比較的控え目です。 InterSystems 製品のドキュメントは広範に用意されており、簡単に見つけることができます。

IRIS と FHIRserver での実験をさらに続ていく予定です。最低でも後 1 つ、FHIR 標準への厳格な準拠に対する私の「奮闘」に関する記事を絶対に公開いたします!

健康を大切に、思考を繰り返して、実験し続けましょう!
Bob

@Bob Schatさんが書いた元の記事へ
0
0 36
ディスカッション (0)2
続けるにはログインするか新規登録を行ってください