キーワード: COVID-19、医用画像、ディープラーニング、PACSビューア、HealthShare。

目的

私たちは皆、この前例のないCovid-19パンデミックに悩まされています。 現場のお客様をあらゆる手段でサポートする一方で、今日のAI技術を活用して、Covid-19に立ち向かうさまざまな前線も見てきました。

昨年、私はディープラーニングのデモ環境について少し触れたことがあります。 この長いイースターの週末中に、実際の画像を扱ってみてはどうでしょうか。Covid-19に感染した胸部Ｘ線画像データセットに対して簡単な分類を行うディープラーニングモデルをテスト実行し、迅速な「AIトリアージ」や「放射線科医の支援」の目的で、Ｘ線画像やCT用のツールがdockerなどを介してクラウドにどれほど素早くデプロイされるのかを確認してみましょう。

これは、10分程度の簡易メモです。学習過程において、最も単純なアプローチでハンズオン経験を得られることを願っています。

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2019年 10月 17日

Anton Umnikov
InterSystems シニアクラウドソリューションアーキテクト
AWS CSAA、GCP CACE

AWS Glue は、完全に管理された ETL (抽出、変換、読み込み) サービスです。データの分類、クリーンアップ、強化、そして様々なデータストア間でデータを確実に移動させるという作業を簡単にかつコスト効率の良いかたちで行えるようにするものです。

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デベロッパーの皆さん、こんにちは！

最近、当社は InterSystems Package Manager (ZPM) をリリースしました。 ZPM を開発した理由の 1 つは、ソリューションをパッケージ化して ZPM レジストリに提出することにより、そのデプロイを「install xxx package」のようなコマンドを実行するだけの単純な作業にするためです。

これを行うには、InterSystems IRIS パッケージの中身を説明する module.xml ファイルをリポジトリに導入する必要があります。

この記事では、module.xml ファイルの異なる構成要素を説明し、独自のファイルを作成する方法をご紹介します。

まずは、samples-objectscript パッケージから始めます。以下のコマンドを実行すれば、IRIS に ObjectScript のサンプルアプリケーションがインストールされます。

zpm: USER>install samples-objectscript

おそらく、これほどシンプルなパッケージはないと思います。以下は、パッケージの中身を説明する module.xml です。


<Export generator="Cache" version="25">
  <Document name="samples-objectscript.ZPM">
    <Module>
      <Name>samples-objectscript</Name>
      <Version>1.0.0</Version>
      <Packaging>module</Packaging>
      <SourcesRoot>src</SourcesRoot>
      <Resource Name="ObjectScript.PKG"/>
    </Module>
  </Document>
</Export>
Open Exchange app
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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

以下例のクラスメソッド getLatestID() のように ObjectScript のクラスメソッドを用意します。
返したい値を戻り値に指定し、SQLストアドプロシージャ（SqlProc）キーワードを指定するだけで値が返せます。

ClassMethod getLatestID() As %Integer [ SqlName = getLatestID, SqlProc ]
{
    set latestID=$Order(^ISJ.TestClass1D(""),-1)
    quit latestID
}

操作を試す場合は、以下のクラス定義をご準備ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

※ ここで説明するバックアップ方法は、外部バックアップ（##class(Backup.General).ExternalFreeze()を使用する方法）ではご利用いただけません。

その1（差分）

毎週日曜日1時にフルバックアップ、月曜日～土曜日の1時に差分バックアップを取得しているとします。

差分バックアップは、前日の1時に取得したバックアップからの更新ブロックが含まれるバックアップです。

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この記事では、従来のIRISミラーリング構成の代わりに、Kubernetesの Deploymentと分散永続ストレージを使って高可用性IRIS構成を構築します。 このデプロイでは、ノード、ストレージ、アベイラビリティーゾーンといったインフラストラクチャ関連の障害に耐えることが可能です。 以下に説明する方法を使用することで、RTOがわずかに延長されますが、デプロイの複雑さが大幅に軽減されます。

Open Exchange app
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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

文字コードの変換に利用できる変換テーブル名は、以下のシステム関数で取得できます。 

 Write $$GetIONames^%SYS.NLS()

現在のロケールにおいて各デバイス（ファイル、ターミナル等）のデフォルトの変換テーブル名を取得するには、%SYS.NLS.Table クラスを使用します。

確認方法は以下の通りです。

(1)　システムデフォルト設定を取得するため、%SYS.NLS.Table のインスタンスを生成します。（引数に、"System" を指定します。） 

 set obj=##class(%SYS.NLS.Table).%New("System")

(2)　GetIOTable() メソッドを使用して、確認したいデバイスの現在の変換テーブル名を取得します。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

アプリケーション等がデータベースにアクセスしている最中に、データベースの最大サイズの変更や未使用領域の開放などのデータベース設定変更を行うことにより、データベース整合性等に悪影響を及ぼすことはありません。

しかし、未使用領域の開放などは、ディスクアクセスの増加やメモリの使用等でシステムに負荷をかける可能性があるため、その観点からシステム運用に影響が出ないよう注意が必要です。

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*この動画は、2021年2月に開催された「InterSystems Japan Virtual Summit 2021」のアーカイブです。

インターシステムズでは、昨年7月に日本語版の開発者コミュニティを正式にオープンしました。

https://www.youtube.com/embed/Xin8Wwz4plk
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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

インターシステムズ オンラインラーニングでは、InterSystems IRIS 概要や IRIS の各機能について 2～5分でご覧いただける QuickStart ページ（説明ビデオと操作方法を解説、サンプル用 Git の使い方をまとめたページ）をご用意しています。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

マシン名の変更後に InterSystems IRIS（以降IRIS） を停止せずにOSを再起動すると、IRISが開始できないという問題が発生します。

開始するためには、＜インストールディレクトリ＞\mgr\iris.ids ファイルを削除してください。

iris.ids には、起動したノード名や共有メモリの情報（共有メモリID）が格納されていて、IRIS 開始時に作成され、停止時（iris stop または iris force を実施した場合）に削除されます。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems製品のシステムモニタが色々なリソースの使用状況を監視しています。

そしてその使用状況に応じてアラートやワーニング情報をコンソールログ（message.log/cconsole.log）に出力します。

アラート情報が表示するCPUのリソースについては、以下のものが定義されています。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

IRISのターミナルスクリプトを使用することで、コマンドラインからの入力作業なしで IRIS のユーティリティを実行することが可能になります。

また、IRISのルーチンやクラスを、Windows のバッチファイルで実行する場合(irisコマンドで実行)は、「認証なし」もしくは「オペレーティングシステム認証」を指定していただく必要がありますが、パスワード認証のみしか使用できないような場合に、ターミナルスクリプトを使用する方法が使えます。 手順は、以下のようになります。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

一般的なシステム統合製品はメッセージエンジン製品を中心にビジネスプロセス管理製品、ポータル製品、ビジネスアクティビティモニタリング製品などの付随する製品を1つのパッケージ製品（スイート製品と呼ばれることも多い）として提供しています。

パッケージとして提供はしていますが、個々の構成製品は通常別々に作成されたもので、操作法、リポジトリ管理、開発手法、管理手法等が各製品バラバラでシステム統合プロジェクトを実施するに当たり、これら全ての製品に習熟するためには膨大な時間がかかります。

また各製品毎に担当者をアサインするということも考えられますが、そうすると各担当者間のコミュニケーションが必要となりプロジェクト管理の手間が増えます。

InterSystems IRIS data platform にはシステム統合に必要な全ての機能が1つの製品に含まれており、統一された操作法、一元化されたリポジトリ、1つの首尾一貫した開発/管理環境が提供されます。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

インターシステムズは、特定のオペレーティングシステムのバージョンの特定リリースに対して、製品の検証は実施しておりません。

特定リリースとは、例えば、Windows Server 2003 R2やWindows Server 2008 R2などを指します。

これらの保証については、オペレーティングシステムベンダーが互換性を保証する限りにおいて、提供されます。

特別な状況の詳細は、下記弊社ホームページのサポート情報に明記しています。

最新プラットフォーム情報とリリースノート


明記されていない場合には、オペレーティングシステムベンダーが互換性を保証する限りにおいて、特定リリースもサポート対象となります。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

$ZSTRIPコマンドは、指定された文字列から文字のタイプと文字を削除します。
このコマンドを使用することで文字列から数値部分のみを抽出することが可能です。

$ZSTRIP(string,action,remchar,keepchar)

第1引数(string) ：対象文字列
第2引数(action) ：string から削除する対象。アクションコードとマスクコードで構成。
第3引数(remchar) ：削除する特定の文字を指定。第2引数のマスクコードに含まれない文字も指定可能。【オプション】
第4引数(keepchar)：削除しない特定の文字を指定。【オプション】

以下はその例です。

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キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、Ｘ線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部Ｘ線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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InterSystems Caché のグローバルは、デベロッパーにとって非常に便利な機能を提供します。 しかし、グローバルが高速な上に効率が良いのはなぜでしょう？

理論

基本的に、Caché データベースとは、データベースと同じ名前を持ち、CACHE.DAT ファイルを含んだカタログのことです。 Unix システムでは、このデータベースを普通のディスクパーティションにすることもできます。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystemsでは、既存のお客様および見込みのお客様と実施した他DBMS製品との比較を行った様々なベンチマーク結果を持っています。

しかし、それらの結果に関して、ほとんどのRDBMSベンダのライセンス条項に当該RDBMSベンダの承諾なしにベンチマーク結果を公表してはならないという条項があるため、現実問題として一般的な公表は、難しい状況です。

一方、TPC等の公共の機関等がベンチマーク条件を策定、公開しているベンチマークに関しては、必要な実施コストに対して得られるものが少ないと考えており、過去にも実施しておりませんし、将来も実施する予定はありません。

InterSystemsは、TPCの様な現実のシナリオからかけ離れたベンチマークを実施するのではなく、実際のアプリケーションを模したベンチマークシナリオを構築し、それに基づき、各ハードウェアベンダ、パートナ企業、エンドユーザとの協力の基、ベンチマークを実施しております。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。


「特権ルーチンアプリケーション」を使用し、コード中に　$system.Security.AddRoles()メソッドを使用してロールを付与する仕組みを利用します。

※ロールベースで必要な特権を付与するため、予め特定の特権を持ったロールを作成する必要があります。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

永続クラス（＝テーブル）定義に提供される %BuildIndices() メソッドの引数に、インデックスを再構築したい ID の開始値と終了値を指定することにより、その範囲内のインデックスのみが再構築できます。

例えば、Sample.Person クラスにある NameIDX インデックスと ZipCode インデックスを ID=10～20 のみ再構築する場合は、以下のように実行します（ID の範囲は、第5引数、第6引数に指定してます）。

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先日、永続クラスとシリアルクラスからSwagger仕様を生成する必要がありました。そこで、その時のコードを公開することにします（完全なコードではないため、アプリケーション固有の部分を変更する必要がありますが、まずは出発点として使用できます）。 こちらからご利用ください。

次のクラスがあるとしましょう。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

コンソールログファイル (※1) に、以下のメッセージが表示されることがあります。

05/14/19-09:32:14:056 (6888) 0 System routine buffer (64 KB) shortage is detected, 430 routine buffers configured, adjusted per process cached rtn to 71

(※1)
コンソールログファイルは、[管理ポータル] > [システムオペレーション] > [システムログ] > [コンソール・ログ]　から参照できます。
または、以下ファイルを直接参照することもできます。


　

<インストールディレクトリ>\mgr\cconsole.log

上記メッセージでは、ルーチンバッファサイズのうちの 64KB バッファの不足が検出されています。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

MM/DD-hh:mm:ss:938 ( 0) 1 Failed to allocate xxxMB shared memory using large pages. Switching to small pages.
MM/DD-hh:mm:ss:938 ( 0) 0 Allocated xxxMB shared memory: yyyMB global buffers, zzzMB routine buffers

コンソールログ（cconsole.log/messages.log）に上記のようなメッセージがある場合は、Large Page でのメモリ確保に失敗して、Small Page でメモリを確保したことを示しています。

Allocated xxxMB が設定サイズと同じ場合、Small Pageでメモリ確保ができていますので、設定サイズを減らす必要はありません。

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開発者の皆さん、こんにちは。

以前の記事でIRIS for Health上でFHIRリポジトリを構築し、OAuth2認証を構成する方法をご紹介しました。
IRIS for Health 2020.4がリリースされ、FHIRリポジトリのアクセストークンをチェックする機能が追加になりました。

ドキュメントはAccess Token Scopesです。

この記事ではドキュメントの記載も抜粋しながらこの機能を紹介していきます。

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以下の記事では、DeepSee のより柔軟なアーキテクチャ設計の概要を説明します。 前の例で説明したとおり、この実装には、DeepSee キャッシュや DeepSee の実装と設定、および同期グローバル用の個別のデータベースが含まれています。 この例では、DeepSee インデックスを保存するための新しいデータベースを紹介します。 DeepSee インデックスがファクトテーブルや次元テーブルとともにマッピングされないように、グローバルマッピングを再定義します。

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