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#InterSystems IRIS for Health

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InterSystems IRIS for Health™は、世界で最も重要なデータを管理する医療アプリケーションの迅速な開発を目的に特別に設計された世界初、かつ唯一のデータプラットフォームです。 トランザクションの処理と分析、拡張可能な医療データモデル、FHIRベースのソリューション開発、医療情報の相互運用性に関わる標準規格への対応など、すぐに使える強力な機能を搭載しています。 これらすべての機能により、開発者は価値を実現し、画期的なアプリケーションをすばやく構築することができます。 詳細はこちらをご覧ください

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

ある処理において、データを無期限に保存する必要がなくグローバルの強力な性能が必要になる場合に、IRISTEMP/CACHETEMP データベースに保存される一時グローバルが使用されます。
IRISTEMP/CACHETEMPデータベースはジャーナルされないので、一時グローバルの使用ではジャーナルファイルは作成されません。

IRISTEMP/CACHETEMP データベースは、システムで一時ストレージ用に使用され、ユーザも同じ用途で使用することができます。

一時グローバルとIRISTEMPデータベースの詳細については、以下のドキュメントをご覧ください。
一時グローバルと IRISTEMP データベース

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

オブジェクトに対する一般的な処理をサポートする各種関数を提供しています。
詳細は以下ドキュメントをご参照ください。
オブジェクトへの動的アクセス【IRIS】
オブジェクトへの動的アクセス


サンプルクラス(Sample.Person)を使用して、利用例をご紹介します。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

マップされたクラス・ルーチンも含めてコンパイルする場合は、コンパイラ修飾子に "/mapped=1" もしくは "/mapped" を指定します。 例えば、以下のように行います。

【例1】クラスリストを取得してコンパイル

do $System.OBJ.GetClassList(.list,"/mapped")
// build your list starting from .list
do $System.OBJ.Compile(.list)

【例2】全てのクラスをコンパイル

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

ミラー構成削除時に、ミラー・データベースのミラー属性を削除するオプションを指定しないと、通常データベースに戻すことができず、次回マウント時に読み取り専用でデータベースがマウントされます。 読み書き可能なデータベースに戻すためには、システムルーチン ^MIRROR を使用してミラー属性を削除する必要があります。
手順は以下のとおりです。（%SYSネームスペースで実行します。）

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開発者のみなさん、こんにちは。

今回は、スーパーやコンビニでもらうレシートを写真で撮り、OCR を使ってレシートの画像から文字列を切り出して IRIS に登録する流れを試してみました。

サンプルでは、Google の Vision API を利用してレシートの JPG 画像から購入物品をテキストで抽出しています。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

現ジャーナルファイル名の取得は、ジャーナリング API を利用します。

##class(%SYS.Journal.System).GetCurrentFileName()


現ジャーナルファイルの使用量bytesの取得は、ジャーナリング API を利用します。

##class(%SYS.Journal.System).GetCurrentFileOffset()


実行例は以下の通りです。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

各プロセスが消費しているメモリの内容は、Windowsリソースモニタの項目のワーキングセット、共有可能、プライベートで確認できます。

これらの内容は以下になります。

ワーキングセット　プロセスが使用する物理メモリです。
　　　　　　　　　ワーキングセット（プライベート）とワーキングセット（共有可能）との合計です。

共有可能 　 プロセスが使用する物理メモリ内で他のプロセスと共有可能なメモリです。

プライベート 　プロセスが使用する物理メモリ内で他のプロセスと共有不可能なメモリです。

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· 2022年2月4日 7m read
Embedded Python 試してみました

開発者の皆さん、Python好きの皆さん、こんにちは！

ドキュメントをみながら IRIS 2021.2 に追加された Embedded Python を試してみました！

IRIS にログインしてるのに Pythonシェルに切り替えできて Python のコードが書けたり、Python で import iris するだけで SQL を実行できたりグローバルを操作できるので、おぉ！✨という感じです。

ぜひ、みなさんも体感してみてください！

では早速。

まず、IRISにログインします。Windows ならターミナルを開きます。Windows 以外は以下実行します。

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開発者の皆さん、こんにちは！

最近リリースされた InterSystems IRIS 2021.2 の目玉機能のひとつが Embedded Pythonです。Embedded Pythonは、PythonのランタイムをIRISに組み込むことによって、IRISのメソッドをPythonで記述したり、PythonのコードからIRISのクラスにアクセスしたりなどなど、IRISのObjectScriptとPythonとで相互に呼び出しを行なえる機能です。

しかも、Pythonのランタイムを埋め込んでいるため、ネットワークのオーバーヘッドがなく、パフォーマンスへの影響は最小限です。

IRISのプログラマの方には、Pythonの豊富なライブラリをストレスなく利用して頂けます。

Pythonのプログラマの方には、ObjectScriptを学ぶことなく、IRISの高速なデータベースやインターオペラビリティ機能などをストレスなく活用して頂けます。

今回の記事では、Embedded Pythonの機能をほんの一部だけ紹介します。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

TRY-CATCHで行うことが可能です。
以下のように行ってください。

 #dim ex As %Exception.AbstractException
 TRY {
    "<何かエラーを発生させる処理>"
  }
  CATCH ex {
     do ex.Log()
  }


^%ETNを使用する場合は、^%ETNを呼び出す際にBACKエントリ（BACK^%ETN）から呼び出してください。


あわせて、以下の関連記事も是非ご覧ください。

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· 2021年12月28日 2m read
コンパイルフラグについて

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

コンパイル時のフラグや修飾子の記号と意味については、以下ドキュメントをご参照ください。


コンパイルフラグについて【IRIS】

コンパイルフラグについて

なお、開発環境のスタジオやVisual Studio Codeでは、開発環境の設定画面でフラグを変更できます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

データ項目の値が”＃Deleted"と表示される場合、MS Accessの設定でこの問題を回避することができます(MS Access2016以降)。

MS Accessのオプションより、「大きい数値(BigInt)データ型をサポート」にチェックを入れます。

設定後、リンクテーブルを一度閉じて、リンクの更新を行います。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

MM/DD/YY-hh:mm:ss:fff ( ) 0 [Utility.Event] Purging old application errors


こちらのメッセージは、エラーではなく、アプリケーションのエラーログを記録した古い ^ERRORSグローバルのパージ処理が実行された際に出力されるメッセージになります。ログを削除した旨のみを伝えるメッセージであり、出力されていても特に問題はありません。
また、このログは、^ERRORSグローバルのパージ処理がタスク実行される毎日01:00 に出力されます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

$ZTIMESTAMPはUTC形式で日付時刻を返すため、ローカルのタイムゾーンに変更するためには以下システムオブジェクトを利用します。

$SYSTEM.Util.UTCtoLocalWithZTIMEZONE($ZTIMESTAMP)


上記出力結果は ddddd,sssss.fff の形式で出力されます。

ddddd：$HOROLOGの日付と同じ形式
　sssss：現在の日付の午前 0 時からの経過秒数を示す整数
　fff　：秒の小数部を示す可変桁数

※ $HOROLOGに似ていますが、$HOROLOGには秒の小数部分は含まれません。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

監査ログをプログラミングで出力するために、監査ログの一覧を取得する%SYS.Audit クラスのListクエリを利用することができます。


サンプルコードは以下のようになります。

 Set statement=##class(%SQL.Statement).%New()  
 Set status=statement.%PrepareClassQuery("%SYS.Audit","List")
 Set rs=statement.%Execute()  
 Set tab = $char(9)
 While rs.%Next() {    
   Write rs.%Get("TimeStamp")_tab_rs.%Get("Event")_tab_rs.%Get("Username"),!      
}

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

CSPアプリケーションでは、リクエスト処理時間がサーバー応答タイムアウト値(CSPゲートウェイ管理ページで設定、既定値60 sec)を経過すると、CSPゲートウェイからクライアントブラウザにタイムアウトを通知し、処理を続けているデータプラットフォームサーバプロセスにエラーを発生させます。

エラーが発生している処理を確認して頂き、処理遅延の改善、例えばタイムアウトが発生しないように処理内容を見直して応答時間を短くすることや必要に応じてサーバ応答タイムアウト値を大きくすることで対処可能です。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

グローバル単位でジャーナルのON/OFF設定を行いたい場合は、グローバルマッピング設定で、
　・ジャーナルしたいグローバル ⇒ ジャーナルON(「はい」)のデータベースにマッピング
　・ジャーナルしたくないグローバル ⇒ ジャーナルOFF(「いいえ」)のデータベースにマッピング
と、分けることで可能です。 但し、通常のデータベースは、ジャーナルOFF設定であっても、トランザクション中の更新についてはジャーナルファイルに記録されます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

【 管理ポータルへのパスワード認証設定方法 】

管理ポータルの、
　[ホーム] > [システム管理] > [セキュリティ] > [アプリケーション] > [ウェブ・アプリケーション]
で /csp/sys、および、/csp/sys/ 以下の各アプリケーション(/csp/sys/expなど) の編集画面を開き、“許可された認証方法” の、"認証なし" のチェックを外し、“パスワード” のみチェックをして保存します。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

プライベートWebサーバを使用して、HTMLファイルをリクエストした際に、日本語が文字化けする場合があります。
その場合には、HTMLファイルをBOM(バイト・オーダー・マーク)付で保存してください。

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このメッセージが出力される要因は以下の2つになります。

  1. 同じデータに対して適切に排他を行わずに、別々のプロセスから更新が行われている
  2. ロールバックが発生している

詳細は以下の通りです。 メッセージログ/コンソールログに、以下のようなメッセージがある場合、これはロールバック処理にて出力されています。
※バージョンによってメッセージは多少異なります。

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キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、Ｘ線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部Ｘ線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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· 2021年11月28日 5m read
データサイズを調べる方法

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

InterSystems製品のデータ（テーブルの行データ、オブジェクトのインスタンスデータ）は、グローバル変数に格納されています。
各グローバルのデータサイズは、管理ポータル>システム>構成>ローカルデータベース>グローバルのページから参照したいグローバルのプロパティをクリックし、表示されるグローバル属性ページ上のサイズ計算ボタンをクリックすることで個別のグローバルのサイズを取得することができます。
ネームスペース上のグローバルのデータサイズをまとめて表示するには、ターミナル上で^%GSIZEユーティリティを起動することで取得することができます。
実行方法は以下の通りです。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems製品開始時に、OSの実行ファイルやコマンド、InterSystems製品内に作成したプログラムを実行したい場合は SYSTEM^%ZSTART ルーチンに処理を記述します。

（%ZSTARTルーチンは%SYSネームスペースで作成します）

SYSTEM^%ZSTART に記述する処理は、事前にあらゆる条件下でうまく動作することを確認してください。

^%ZSTART ルーチンの記述ミスや、記述は正しくとも起動時にコマンドが応答を返さなかったり処理でエラーが起こった場合、InterSystems製品が起動できなくなることがあります。

詳しくは、以下ドキュメントをご参照ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

SELinuxの機能が有効になっているとファイルアクセス時にセキュリティコンテキストのチェックで permission エラーになります。

CSP のページについても同様に permission エラーになっているため、Apache にて 403 Forbidden エラーになります。

以下の設定でSELinuxの機能を無効にすることで回避できます。

設定ファイル /etc/selinux/config の SELINUX=disableに設定し、OS の再起動を行います。

例：

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

設定内容によって、方法が異なります。

システム構成について

管理ポータルの　[システム管理] > [構成]

以下の設定については（※1）、パラメータファイル（InterSystems IRISは iris.cpf、Caché／Ensemble／HealthShareは cache.cpf） に格納されます。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

タイムアウトを無効にするためには、DSNの設定でクエリタイムアウト無効に設定します。

Windowsコントロールパネル > [管理ツール] > [データソース（ODBC）] > [システムDSN]の構成


で クエリタイムアウト無効 にチェックを入れますと、タイムアウトは無効になります。

アプリケーション側で変更する場合は、ODBC APIレベルで設定することが可能です。


ODBCのSQLSetStmtAttr関数をコールする際に、SQL_ATTR_QUERY_TIMEOUT属性を設定してから、データソースに接続してください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

バックアップ先に、共有フォルダを指定することは可能ですが、推奨しません。

バックアップの最終フェーズのDBアクセスを禁止する箇所で万一ネットワークエラー等で、バックアップがハングアップすることがあれば、システム全体に影響が及ぶリスクがあります。

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