皆さまこんにちは。
IRIS for Healthを用いてFHIRの開発に携わっている者です。

FHIRリポジトリの導入を検討している方々に向けて、足がかり的な記事になればと思い投稿致します。

<アジェンダ>
■IISでの環境構築
■POSTMANを利用しないリソースへのデータアクセス
■Patientリソースの作成について
■FHIRリポジトリを使ってみての感想

■おまけEmbedded Pythonを使って、サンプルファイルからFHIRリソースへアクセスする方法

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· 2023年11月6日 6m read
Embedded Pythonの使い所は?

Python流行ってますよね。(一時は圧倒的な支配力のあったJavaも、O社に買われてライセンスが云々とか言われ始めた頃からブレーキが掛かってしまった気がします。)

Pythonの魅力の一つがパッケージで様々な機能が提供されていることがあげられるかなと思っています。

私もこれまでPythonのコードをそこそこ書いてきました。実のところ、ここ1年では間違いなくObject ScriptよりPythonのほうが書いた量が多いです。Excelのドキュメントがそれらよりも遥かに多いのは何とかしたいところですが😅

IRISと連携するため$ZF(-1)を使ってPythonプログラムをコールしているものもあります。

IRIS 2021.2からPythonがIRISにEmbedded Pythonとして組み込まれたということで、どのように使えるかを試してみました。

なお、使用した環境は以下です。

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開発者の皆さん、こんにちは!

最近リリースされた InterSystems IRIS 2021.2 の目玉機能のひとつが Embedded Pythonです。Embedded Pythonは、PythonのランタイムをIRISに組み込むことによって、IRISのメソッドをPythonで記述したり、PythonのコードからIRISのクラスにアクセスしたりなどなど、IRISのObjectScriptとPythonとで相互に呼び出しを行なえる機能です。

しかも、Pythonのランタイムを埋め込んでいるため、ネットワークのオーバーヘッドがなく、パフォーマンスへの影響は最小限です。

IRISのプログラマの方には、Pythonの豊富なライブラリをストレスなく利用して頂けます。

Pythonのプログラマの方には、ObjectScriptを学ぶことなく、IRISの高速なデータベースやインターオペラビリティ機能などをストレスなく活用して頂けます。

今回の記事では、Embedded Pythonの機能をほんの一部だけ紹介します。

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記事
· 2022年2月4日 7m read
Embedded Python 試してみました

開発者の皆さん、Python好きの皆さん、こんにちは!

ドキュメントをみながら IRIS 2021.2 に追加された Embedded Python を試してみました!

IRIS にログインしてるのに Pythonシェルに切り替えできて Python のコードが書けたり、Python で import iris するだけで SQL を実行できたりグローバルを操作できるので、おぉ!✨という感じです。

ぜひ、みなさんも体感してみてください!

では早速。

まず、IRISにログインします。Windows ならターミナルを開きます。Windows 以外は以下実行します。

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開発者の皆さん、こんにちは!

Flaskを使うと簡単にWebアプリが作成できるようでしたので、Embedded Pythonを利用してIRISに保存した月毎の歩数データ(テーブル/グローバル)を matplotlibを利用してグラフ表示する簡単なWebアプリを作成してみました。

使っているPythonスクリプトファイルやHTMLは以下の通りです(図例はテーブルからデータを取る例ですが、サンプルにはグローバルからデータを取得する例も含まれます)。

サンプルはこちらに置いています👉https://github.com/Intersystems-jp/WalkSteps

IRISのインストール環境に合わせて、サンプルのディレクトリを分けています。

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InterSystems IRIS 2021.2 のバージョンより、Embedded Python を使用できるようになりました。
Embedded Python については、「Embedded Pythonを簡単にご紹介します」の記事をぜひご覧ください。

こちらでは、Embedded Python を使用して Excel のデータを IRIS グローバルに出力する方法をご紹介します。

最初に、irispip コマンドで必要なライブラリをインストールします。
今回は、pandas、xlrd、openpyxl の3つのライブラリをインストールします。

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· 2023年1月16日 7m read
Embedded Python テンプレート

開発者の皆さん、こんにちは!

InterSystems IRIS で embedded python を使用する一般的なプロジェクトの出発点として推奨できる、最小限の embedded python テンプレート をご紹介しましょう。

特徴:

  • Embedded python対応
  • Embedded Pythonの3つの開発方法の例
  • VSCode開発対応
  • Dockerが利用可能
  • オンラインデモが可能
  • ZPM First開発対応。

以下、その特徴について説明しましょう。

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IRIS 2022.1では Embedded Python が導入されました。Embedde Python によって、IRISの独自言語である ObjectScript と Python の親和性の良さをぜひ実感いただけると嬉しいです。今回の記事では、日本語PDFをPythonライブラリを利用して作成し、さらに ObjectScript と融合するところまで見ていただこうと思います。

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請求、支払いや領収、アイテムの配送や在庫を処理するアプリケーションでは、バーコードや QR コードの使用が必要となるのが一般的です。 単純なバーコードよりも多くの情報を格納できる QR コードは、さらに幅広いシナリオで使用されています。 したがって、バーコードと QR コードを生成する機能、またはそれらに格納されたデータを画像または PDF から読み取る機能が重要となります。 この記事では、Python と無料のライブラリを使用してこれを行う方法を説明します。

Pyzbar ライブラリ

pyzbar ライブラリは、zbar ライブラリを使って、Python 2 と 3 から 1 次元バーコードと QR コードを読み取ります。 以下の特徴が備わっています。

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これまでの記事では、メールサーバーのメールボックスからのメッセージを処理する IMAP プロトコルの基本的な使用方法を学習しました。 とても興味深いものではありましたが、他の人が作成してすぐに利用できるようにライブラリに提供されている実装を利用することも可能です。

IRIS データプラットフォームの改善の 1 つに、同じ IRIS プロセスで ObjectScript に並行して Python コードを記述できる機能があります。 この新機能は、組み込み Python と呼ばれます。 組み込み Python を使用すると、ObjectScript コードに巨大な Python エコシステムのライブラリの力を取り込むことができます。

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Embedded Python で Excel のデータを IRIS グローバルに格納する方法 では Excel データを pandas.DataFrame に取り込んで、それを InterSystems IRIS グローバルに保存する方法をご紹介しました。

今回は「lxml を使用し Web スクレイピングした表(テーブル)のデータを InterSystems IRIS グローバルに格納する」方法をご紹介します。


※以下は Windows 上の IRIS でのインストール方法になります。
 UNIX ベースのシステムでは、pip3 コマンドを使用してインストールします。詳細は ドキュメント をご覧ください。

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Web スクレイピングとは:

簡単に言えば、Web スクレイピングWeb ハーベスティング、または Web データ抽出とは、Web サイトから大量のデータ(非構造化)を収集する自動プロセスです。 ユーザーは特定のサイトのすべてのデータまたは要件に従う特定のデータを抽出できます。 収集されたデータは、さらに分析するために、構造化された形式で保存することができます。

Web スクレイピングとは? — James Le

Web スクレイピングの手順:

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Python は世界で最も使用されているプログラミング言語になり(出典: https://www.tiobe.com/tiobe-index/)、SQL はデータベース言語としての道をリードし続けています。 Python と SQL が連携して、SQL だけでは不可能であった新しい機能を提供できれば、素晴らしいと思いませんか? 結局のところ、Python には 380,000 を超える公開ライブラリがあり(出典: https://pypi.org/)、Python 内で SQL クエリを拡張できる興味深い機能が提供されています。 この記事では、Embedded Python を使用して、InterSystems IRIS データベースに新しい SQL ストアドプロシージャを作成する方法を詳しく説明します。

サンプルとして使用する Python ライブラリ

この記事では、IRIS で SQL を扱う人にとって非常に便利な GeoPy と Chronyk という 2 つのライブラリを使用します。

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開発者のみなさん、こんにちは。

今回は、スーパーやコンビニでもらうレシートを写真で撮り、OCR を使ってレシートの画像から文字列を切り出して IRIS に登録する流れを試してみました。

サンプルでは、Google の Vision API を利用してレシートの JPG 画像から購入物品をテキストで抽出しています。

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最近人気上昇中のプログラミング言語Python、ご存じのとおりIRISでは2通りの使い方が出来ます。

組み込みPython(Embedded Python)

PythonコードはIRISプロセス内でObjectScriptコードと並列に実行

具体的には

  1. IRISクラス内のメソッド
  2. SQL関数とストアドプロシージャ
  3. ターミナルからPythonシェルを起動
  4. irispythonコマンド実行

が該当します。

ネイティブAPI(Native API)

IRISの外からグローバルへのアクセス、クラスメソッドを呼び出し

上の4種類以外は全てネイティブAPIを使用します。

Pythonコードが実行される場所でIRISへのアクセス手段が決まりますが、ライブラリ名が双方とも”iris”のため注意が必要です。

* 従来からのirisnativeはDeprecated(非推奨)となりました

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InterSystems IRIS 2021.2 のバージョンより、Embedded Python を使用できるようになりました。

Embedded Python で Excel のデータを IRIS グローバルに格納する方法 では pandas.DataFrame のデータを InterSystems IRIS グローバルに保存する方法をご紹介しました。
こちらの記事では、その逆の「InterSystems IRIS グローバル($LB) を pandas.DataFrame に変換する」方法をご紹介します。

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私が一番興味を持っているのは、組み込み Python におけるグローバルの使用についてです。
そこで、提供されている公式ドキュメントを確認しました。

#1 グローバルの導入
グローバルとは何かについての一般的な説明。 次の章につながっています。

#2 ObjectScript の詳細について
組み込み Python の記述はありません。
さらに先に進むと...

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開発者の皆さん、こんにちは!

開発者コミュニティのYouTubeプレイリストに新しいセルフラーニングビデオを公開しましたのでお知らせします📣!

◆ IRISでPythonを使ってみよう!

https://www.youtube.com/embed/HFq-IIlejMg?list=PLzSN_5VbNaxBLXlC9oCgwPtxBilT8tJ96
[これは埋め込みリンクですが、あなたはサイト上の埋め込みコンテンツへのアクセスに必要な Cookie を拒否しているため、それを直接表示することはできません。埋め込みコンテンツを表示するには、Cookie 設定ですべての Cookie を受け入れる必要があります。]

※YouTubeに移動していただくとプレイリストの中から好きなビデオを選択してご覧いただけます。

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このフォーメーション私の GitHub にあり、30 分で csv ファイルと txt ファイルの読み取りと書き込み方法、Postgres を使ったIRIS データベースリモートデータベースの挿入とアクセス方法、FLASK API の使用方法について説明します。これらすべてに、PEP8 命名規則に従った、Python のみのインターオペラビリティフレームワークを使用します。

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こんにちは、皆さま。
業務でIRISを用いて開発を行っている者です。

現在、Embedded Pythonを用いて開発を行おうとしているのですが、
別のNMSPに存在するグローバルをiris.gref()で参照する方法がわかりませんでした。

> iris.gref("^[NMSP]GBL") <-----こうしても自身のNMSPのグローバルを参照してしまう。

諦めてznでネームスペースを切り替えてみようかな、とも思ったのですが、
python上でznをかける方法もよくわからず、対応方法に悩んでいます。

どなたか、上記の対応方法についてご存じな方はいらっしゃいませんでしょうか?

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はじめに

データ分析は、急速に展開するこの時代において、ビジネス上の意思決定を行う上で欠かせない側面です。 組織はデータ分析に大きく依存して、十分な情報に基づく意思決定と競合優位の維持を行っています。 この記事では、Pandas と InterSystems Embedded Python を使ってデータ分析を実行する方法について説明します。 Pandas の基本、InterSystems Embedded Python を使用するメリット、および両方を組み合わせて有効なデータ分析を実行する方法について説明します。

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プログラムによる本番環境アクセス

プログラムで本番環境(インターフェース)を編集するには、相互運用性 apis と SQL クエリを組み合わせて使用できます。

現在のネームスペース

大まかに言えば、その時点で作業しているネームスペースと本番環境を知ることが重要です。

// Object script 
// アクティブなネームスペースはこの変数に格納される
$$$NAMESPACE 
// ネームスペースを出力
Write $$$NAMESPACE
# Python
import iris
# このメソッドからアクティブなネームスペースが返される
iris.utils._OriginalNamespace()
# ネームスペースを出力
print(iris.utils._OriginalNamespace())
>>> DEMONSTRATION

現在の本番環境(アクティブまたは最後に実行した本番環境)

本番環境の名前を知ることも重要です。次の API を使用してネームスペース内のアクティブな本番環境を取得できます。

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大規模言語モデル(OpenAI の GPT-4 など)の発明と一般化によって、最近までは手動での処理が非現実的または不可能ですらあった大量の非構造化データを使用できる革新的なソリューションの波が押し寄せています。 データ検索(検索拡張生成に関する優れた紹介については、Don Woodlock の ML301 コースをご覧ください)、センチメント分析、完全自律型の AI エージェントなど、様々なアプリケーションが存在します。

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オリジナルの「InterSystems IRIS で Python を使って IMAPクライアントを実装する」は、埋め込みPythonを使用してIMAPインバウンドアダプタを実装されていますが、最近メールプロバイダがあいついでoAuth2認証しか受け付けなくなってきているので、その対応をしてみました。

本稿のGitHubはこちらです。

変更点

GMAILに対してメールの送受信を可能とするためにオリジナルに以下の修正を施しています。

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開発者の皆さん、こんにちは。

(2024/4/24:5月の日時、ウェビナー内容を更新しました)

InterSystems IRIS、InterSystems IRIS for Healthの新バージョン2024.1がリリースされました。

様々な機能の追加や実験的機能としての追加が行われましたが、その中から以下3種類の内容についてウェビナーを開催します!📣

✅4月23日(火)13時半~14時:IRIS 2024.1の管理用Webサーバ(PWS)廃止に備えて

オンデマンド視聴できます👉https://event.on24.com/wcc/r/4515226/1323ED7EECDC5A18B293BC2BCFDD3A9C

✅5月30日(木)13時半~14時:ベクトル検索機能のご紹介

お申し込みは👉https://event.on24.com/wcc/r/4571564/A10293B27D767898A19C5B73188BF7DE

✅6月(日時、タイトル未決定):FHIR新機能について(FHIRバリデーション、FHIR R5のサポート、FHIRオブジェクトモデルなど)

※6月の開催日時・タイトルは後日お知らせします。

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我々には、Redditユーザーが書いた、おいしいレシピデータセット がありますが, 情報のほとんどは投稿されたタイトルや説明といったフリーテキストです。埋め込みPythonLangchainフレームワークにあるOpenAIの大規模言語モデルの機能を使い、このデータセットを簡単にロードし、特徴を抽出、分析する方法を紹介しましょう。

データセットのロード

まず最初に、データセットをロードするかデータセットに接続する必要があります。

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