HealthShare、HealthConnect、および InterSystems IRIS ユーザーが使用できる FHIR アダプターツールに関する連載記事を再開しましょう。

前回の記事では、ワークショップをセットアップした小さなアプリケーションを紹介し、FHIR アダプターをインストールした後に IRIS インスタンスにデプロイされたアーキテクチャを説明しました。 この記事では、最も一般的な CRUD(作成、読み取り、更新、削除)操作の 1 つである読み取り操作を実行する方法の例を確認します。ここではリソースの取得によって行います。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータル > [システム管理] > [セキュリティ] 以下の設定は、%SYSネームスペースにあるSecurityパッケージ以下クラスが提供するメソッドを利用することでプログラムから作成することができます。

以下シナリオに合わせたセキュリティ設定例をご紹介します。

シナリオ:RESTアプリケーション用設定を作成する

事前準備

シナリオの中で使用するソースを2種類インポートします。

アプリケーション用RESTディスパッチクラスをインポートします。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

通常SQLCODE -114(一致する行が既に別のユーザにロックされています)のエラーはロックが競合した場合に発生します。

こちらはレコードロック競合があったり、ロック閾値を超える更新を行いテーブルロックに昇格した際に、そのテーブルレコードに対して別のプロセスよりSelectを行い共有ロックを取ろうとして失敗した(ロック待ちがタイムアウトとなった)場合に発生します。

Selectで共有ロックを取る場合というのは、IRIS の ISOLATION LEVEL がREAD COMMITTED(デフォルトはREAD UNCOMMITTED)で、Selectを行った場合です。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

PythonからObjectScriptのルーチンを直接呼び出すことはできませんが、クラスメソッドを経由して間接的に呼び出すことができます。

しかし、Pythonの変数とObjectScriptのローカル変数は内部構造が異なるため、情報の交換には少し工夫が必要です。

簡単なサンプルでその方法について説明します。

まず、2つの変数を足し算する簡単なルーチン ^testを作ります。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems製品のサーバサイドでファイル入出力を行うと、文字列はシステムで設定されたファイル入出力用文字コードに自動変換され、文字単位でREADします。

ファイルから入力する文字をバイト単位で操作するためには、自動変換を行わない無変換の状態でファイル入力を行い指定バイトずつ読みながら読んだ分だけUnicodeに手動で変換していく必要があります。

変換には$ZCONVERT()関数を使用します。($ZCONVERT()には省略形があり$ZCVT()でも同様の操作が行えます。)

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

監査ログはシステムDB内テーブル(%SYS.Audit)に記録されていますので、そのテーブルに対するクエリを実行して抽出したり、%SYS.Auditテーブルに用意されていストアドプロシージャを利用して情報を取得しファイル出力するようにプログラムを用意することもできます。

以下にご紹介する内容は「監査ログをプログラムで出力(ユーザやイベント指定など)する方法」に関連した内容で、監査ログのファイル出力を管理ポータルの機能を利用した例とプログラムを利用した例でご紹介します。

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記事
· 2024年6月6日 2m read
JSON_Table(SQL)の利用

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

IRIS/IRIS for Health2024.1以降のバージョンのSQLで、JSON_TABLE関数がサポートされています。
【ドキュメント】JSON_TABLE(SQL)

これを使用することにより、JSON形式データを表形式で取得することが出来ます。

【例】郵便番号情報を外部から取得し、表形式にマッピングする。
(取得データ(JSON))

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警告:"NOT %INLIST" を使用した SQL クエリが結果を返さない

インターシステムズは、一部の SQL クエリが不正な結果を返す原因となる 3 つ
の不具合を修正しました。 影響を受けるクエリの詳細については、以下を参照し
てください。

この問題は、以下の製品のリストにあるバージョンに存在します:

  • InterSystems IRIS® data platform
  • InterSystems IRIS for Health™
  • HealthShare® Health Connect

同様に上記製品をベースとしたその他のインターシステムズ製品

影響を受けるバージョン:

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開発者の皆さん、こんにちは。

この記事では、InterSystems製品のバックアップ方法(4種類)のご紹介と、バックアップを行う前に確認しておきたい内容について解説します。

また、この記事に続くシリーズ記事では、それぞれのバックアップの仕組みと操作例を交えたバックアップとリストア手順を解説していきます。

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記事
· 2024年5月7日 4m read
VS Code 関連リソース

VS Code に焦点を当てた 2 つの現地ウェビナー(ヘブライ語による「Intro」および「Beyond Basics」)に続き、フォローアップとして参加者向けに送信した関連リソースのリンクを用意しました。 コミュニティのために、ここでもそれを共有しています。
便利なリソースをぜひさらに追加してください。

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Pandas は単に人気のあるソフトウェアライブラリだけではありません。 これは、Python データ分析環境の基礎でもあります。 その単純さとパワーで知られており、データの準備と分析の複雑さをより扱いやすい形態に変換する上で不可欠な多様なデータ構造と関数が備わっています。 これは、主要なデータ管理および分析ソリューションである InterSystems IRIS プラットフォームのフレームワーク内で、主要評価指標(KPI)やレポート作成用の ObjectScript などの特殊な環境に特に関連しています。

データの処理と分析の分野において、Pandas はいくつかの理由により際立っています。 この記事では、それらの側面を詳細に探ります。

  • データ分析における Pandas の主なメリット:

ここでは、Pandas を使用する様々なメリットについて深く掘り下げます。 直感的な構文、大規模なデータセットの効率的な処理、および異なるデータ形式のシームレスな操作などが含まれます。 Pandas を既存のデータ分析ワークフローに統合する容易さも、生産性と効率を強化する大きな要因です。

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日本でMacユーザーのIRIS使いがどの程度いるのかわかりませんが、圧倒的少数派なのは確かでしょう。

そのせいもあってか、Mac版のインストーラは、Windows版ほどきめ細かい対応をしてくれていません。

Windows版はインストーラが勝手に日本語のロケールを設定してくれているのですが、Mac版(おそらくLinux版も)は英語ロケールのままです。

それでも、通常の使用ではさほど問題がないといえないこともないのですが、ファイルを読んだりする場合や他にも何かと不都合があります。(何かあったような気がしますが、忘れました。)

ですので、Macユーザーは面倒ですが、管理ポータルで日本語ロケールjpuwのインストールをする必要があります。

またはターミナルでコマンド一発でもOKです。

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UDL形式でのインポート・エクスポートが出来ない古いCahceバージョンのソースを保守していたり、古くからのバージョン管理下においてXMLでのバージョン管理を行っている環境であったりと、未だにXMLでのエクスポート・インポートが必要になる場面はまれにあるかと思います。
今回、そういった環境下でもわざわざ管理ポータルを開かずとも、VSCodeでXML形式でエクスポートする拡張機能をリリースしましたので、共有させて頂きます。

機能について

編集画面、あるいは、VSCodeのエクスプローラータブ内からクラスを選択し、コンテキストメニューの「XML形式でエクスポート」を実行します。

image

XMLファイルは所定の場所に保存されます。保存先は設定で指定が出来ます。

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さて、FHIR アダプターの使用例に戻り、この記事では、IRIS インスタンスでの構成方法とインストールの結果を確認したいと思います。

プロジェクトの構成手順は公式ドキュメントで指示されているものと同じなので、直接こちらで確認できます。 では作業に移りましょう!

インストール

この記事に関連するプロジェクトでわかるように、IRIS インスタンスを Docker でデプロイしています。そのため最初の構成の主な部分は Dockerfile で行います。 Docker 構成については詳しく確認しないため、気にする必要はありません。

FHIR アダプターをインストールする手順は、たったこれだけです。

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前回の記事では特定の HIS のデータベースに格納されたリソースを取得する方法を確認したので、今回は、HIS に、システムで受け取る FHIR リソースを起点とする新しいレコードを追加する方法を説明します。

FHIR の CRUD 操作

FHIR の主な機能の 1 つに、Rest API による CRUD 操作のサポートがあります。つまり、FHIR と連携するすべてのシステムには、GET、POST、PUT、および DELETE タイプの HTTP 呼び出しがサポートされていなければなりません。 この記事では、FHIR アダプターをインストールした際に自動的に構成されたエンドポイントへの POST 呼び出しを処理する方法を見てみましょう。

FHIR のリソースストレージ呼び出しに関する仕様を確認すると、呼び出しに使用する URL は、以下のフォーマットを使用している必要があります。

http(s)://server_url/{endpoint}/{Resource}

この記事の例では、セキュリティで保護された呼び出しは行わないため、以下のような URL になります。

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開発者の皆さんこんにちは!

9月2日から、🖋第2回 InterSystems Japan 技術文書ライティングコンテスト🖋 が始まります!応募の準備はばっちりでしょうか?👀

この記事では、昨年開催したコンテストに応募いただいた作品を審査員コメントを添えてご紹介します。

(審査員コメントは昨年11月に開催したミートアップ内で行ったコンテスト表彰式で紹介した内容です)

@Akio Hashimoto さんが投稿された DockerにIRISを構築する簡単なチュートリアル

審査員コメント:

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

messages.logに「Updates may become suspended due to low available buffers」のエラーが出ている場合、このインスタンスのバッファ利用可能サイズが低下していることが考えられます。

上記メッセージが頻繁に出力するようであれば以下の対処をご検討ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

整合性チェックを行う場合、管理ポータルやタスクマネージャーから行う方法と、ターミナルから ^Integrity ユーティリティを使用して行う方法があります。

こちらのトピックでは、それぞれの違いをご説明します。


管理ポータル、整合性チェックタスク、
および SYS.Database の IntegrityCheck メソッドから行う方法


こちらの方法は、選択した複数のデータベースや、1 つのデータベースに格納された選択可能な複数のグローバルを対象に整合性をチェックを行います。

管理ポータル
[システムオペレーション] > [データベース] 整合性チェック・ボタン
※チェックを行いたいネームスペース、必要に応じてグローバルを選択し、実行・ボタンをクリック

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Studio で最も便利な機能の 1 つにコードスニペットがあります。

以下は、スニペットを VSCode に追加する方法です。

以下は、一般的な手順です。

1. ファイル - 設定 - ユーザースニペットに移動し、objectscript を選択します。

2. スニペットを追加します。以下に例を示します。

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FHIR がシステム間の相互運用性と互換性に関するあらゆる問題に対する万能薬であり、ソリューションであることはご存知のことでしょう。 これは、FHIR リソースを手に掲げてそれに興じる戦士の画像です。

ですが、戦士ではない私たちのために、少しだけ紹介したいと思います。

FHIR とは?

早速定義を述べると、FHIR(Fast Healthcare Interoperability Resource; 高速ヘルスケア相互運用性リソース)とは、ヘルスケア産業において医療データを様々なシステム間で電子的にやり取りできるようにするために、HL7(Health Level 7) 規格化組織が作成した相互運用性の規格です。

FHIR の基盤テクノロジー

REST API や JSON 形式による HTTP 呼び出しの組み合わせを主としています(使用方法に応じて XML やその他の通信も可能)。

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はじめに

先日、@Patrick Jamieson が開催した素晴らしいハンズオンに参加してきました。そこでは、SMART On FHIR が定義したプロトコルに従って Angular アプリケーションを IRIS FHIR サーバーとともに構成したセッションでした。非常に深い興味を得たため、独自に Andular アプリケーションを開発し、そこから学んだことを活用してコミュニティに共有することにしました。

SMART On FHIR

SMART On FHIR について Google ではどのように説明しているのか見てみましょう。

SMART On FHIR は電子健康記録(EHR)システムの情報にアプリケーションがアクセスできるようにするためのデータ規格です。 アプリケーション開発者は、その規格を採用した EHR システムに接続する単一のアプリケーションを作成できます。

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InterSystems製品のバックアップ方法の中の4つの目方法は「コールドバックアップ」です。

InterSystems製品を停止できるときに利用できるバックアップ方法です。別サーバに環境を移植するときや、コミュニティエディションから製品版キットのインストール環境にデータベースを移植する場合などにもお使いいただけます。

バックアップ手順

1. InterSystems製品を停止する

2. バックアップしたいデータベースを退避する

3. InterSystems製品を開始する

既存環境から新環境へ移植する場合などの手順

1. 既存環境のInterSystems製品を停止する。

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はじめに

IRIS BIチュートリアル試してみたシリーズの11回目です。ついに今回が最終回になります。
最終回のトピックは「ピボット・テーブルおよびダッシュボードのエクスポートとパッケージ化」です。これまでに作成したピボットテーブルやダッシュボードをエクスポートして他の環境などに移送するためのテクニックを学びます。
では、早速はじめていきましょう。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

以下のようなベンチマーク関連の情報が公開されています。

Intel社と共同で実施したパフォーマンス(レイテンシー)とスケーラビリティ(スループット)を計測するベンチマーク結果

Intel社との共同ベンチマーク

ESG社によるIRISと他社データベースとの性能比較に関するレポート

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータル > [システム管理] > [セキュリティ] 以下の設定は、%SYSネームスペースにあるSecurityパッケージ以下クラスが提供するメソッドを利用することでプログラムから作成することができます。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

管理ポータルのグローバル変数表示ページでは、サブスクリプトレベルの範囲を指定して表示することが可能です。

各サブスクリプトレベルで、 <開始値>:<終了値> のように指定します。
開始値を省略すると先頭から終了値まで、終了値を省略すると指定値から最後までのグローバル変数を表示します。

《例》

(グローバル全体)

(第2サブスクリプトが"b"のデータだけを表示)

(第3サブスクリプトが300以上のデータを表示)

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

メッセージログ(messages.log)/コンソールログ(cconsole.log) に以下のようなメッセージが表示される場合があります。

03/22/18-14:27:34:624 (1851) 2 [SYSTEM MONITOR] WriteDaemon Alert: Write Daemon still on pass 320186

このメッセージ出力は、ライトデーモンのデータベースファイルへの書き込み処理の遅延を示しています。
その原因としては、ディスクI/O負荷が高く、そのI/O要求量に対してディスク処理性能が不足していることが考えられます。

ディスクI/O負荷の原因としては以下が考えられます。

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