皆さまこんにちは。
IRIS for Healthを用いてFHIRの開発に携わっている者です。

FHIRリポジトリの導入を検討している方々に向けて、足がかり的な記事になればと思い投稿致します。

<アジェンダ>
■IISでの環境構築
■POSTMANを利用しないリソースへのデータアクセス
■Patientリソースの作成について
■FHIRリポジトリを使ってみての感想

■おまけEmbedded Pythonを使って、サンプルファイルからFHIRリソースへアクセスする方法

18 3
1 458
記事
· 2023年11月6日 6m read
Embedded Pythonの使い所は?

Python流行ってますよね。(一時は圧倒的な支配力のあったJavaも、O社に買われてライセンスが云々とか言われ始めた頃からブレーキが掛かってしまった気がします。)

Pythonの魅力の一つがパッケージで様々な機能が提供されていることがあげられるかなと思っています。

私もこれまでPythonのコードをそこそこ書いてきました。実のところ、ここ1年では間違いなくObject ScriptよりPythonのほうが書いた量が多いです。Excelのドキュメントがそれらよりも遥かに多いのは何とかしたいところですが😅

IRISと連携するため$ZF(-1)を使ってPythonプログラムをコールしているものもあります。

IRIS 2021.2からPythonがIRISにEmbedded Pythonとして組み込まれたということで、どのように使えるかを試してみました。

なお、使用した環境は以下です。

9 0
0 435

我々には、Redditユーザーが書いた、おいしいレシピデータセット がありますが, 情報のほとんどは投稿されたタイトルや説明といったフリーテキストです。埋め込みPythonLangchainフレームワークにあるOpenAIの大規模言語モデルの機能を使い、このデータセットを簡単にロードし、特徴を抽出、分析する方法を紹介しましょう。

データセットのロード

まず最初に、データセットをロードするかデータセットに接続する必要があります。

1 0
0 236

IRISでPythonを扱う時に、既存の%DynamicObject型の値をそのまま利用したいと思うのですが、Embedded Pythonは自動で%DynamicObjectをdict型にはしてくれません。親和性はとてもあるのですが。。。

そこで、既存プログラムで生成した%DynamicObject型の値をPython側、特に外部のPythonファイル側でdict型を期待している関数に利用するにはどうすれば良いか。

少しスマートではありませんが、%DynamicObjectを一旦JSON文字列に置き換え、Embedded Python 内でJSON文字列からdict型に変換する方法しかないようです。
以下が、その手順です。

3 5
0 132

開発者の皆さん、こんにちは。

(2024/5/30:6月の日時、ウェビナー内容を更新しました)

InterSystems IRIS、InterSystems IRIS for Healthの新バージョン2024.1がリリースされました。

様々な機能の追加や実験的機能としての追加が行われましたが、その中から以下3種類の内容についてウェビナーを開催します!📣

✅4月23日(火)13時半~14時:IRIS 2024.1の管理用Webサーバ(PWS)廃止に備えて

YouTube公開しました👉https://youtu.be/bVwWZt1oNws?list=PLzSN_5VbNaxCeC_ibw2l-xneMCwCVf-Or

✅5月30日(木)13時半~14時:ベクトル検索機能のご紹介

YouTube公開しました👉https://youtu.be/v0G7K2et_Yk?list=PLzSN_5VbNaxB39_H2QMMEG_EsNEFc0ASz

✅6月25日(火)13時半~14時:FHIR新機能のご紹介~2024.1~

オンデマンド配信はこちら👉https://event.on24.com/wcc/r/4597704/ADA161B6446E6BA01623C875CF596FD0
(資料PDFもオンデマンド配信画面よりダウンロードいただけます)

1 2
0 143

前の記事 - AI による臨床文書の保管、取得、検索の単純化

この記事では、AI を使用した文字起こしと要約によってヘルスケアに変革を起こす OpenAI の高度な言語モデルの可能性を探ります。 OpenAPI の最先端 API を活用して、録音データを文字起こしし、自然言語処理アルゴリズムを使って簡潔な要約を生成するための重要なインサイトを抽出するプロセスを掘り下げていきます。

似たような機能は Amazon Medical Transcibe や Medvoice などの既存のソリューションでも提供されていますが、この記事では、OpenAI テクノロジーを使用してこれらの強力な機能を InterSystems FHIR に実装することに焦点を当てています。

0 0
1 180

埋め込みPythonは、同じプロセス空間で、IRIS言語とPython言語を組み合わせて使える面白い環境を提供しますが、組み合わせて使う場合、オブジェクトタイプとそのアクセス方法の違いをはっきり意識して使わないと混乱するように思います。その使い分けの勉強の為、両言語のオブジェクト参照から、その構造を解析ダンプするツールを作ってみました。とくに、実行中のPython情報が、ZWRITE Oref コマンドでの表示しかないようなので、有用かも知れません。ツールは、まだ、間違い、改良等があると思います(教えて下さい)が、ポストします。

ツール本体: Py.Dump.cls

2 1
0 115

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

現時点(2024年3月)では、コミュニティに掲載されているPythonライブラリ「iris-dollar-list」を利用することでIRISの$LIST()形式のデータをPythonのリストとして利用することができます。

※標準ツールではありませんがご利用いただけます。詳細はコミュニティの記事「もう1つの $ListBuild() の実装:Pythonライブラリ「iris-dollar-list」」をご参照ください。

WindowsにインストールしたIRISで使用する場合は、以下の方法で「iris-dollar-list」をインストールしてください。

※Windows以外にインストールしたIRISでは、pipコマンドを利用した通常の方法でインストールできます。

1 1
1 106

問題

あわただしい臨床環境では迅速な意思決定が重要であるため、文書保管とシステムへのアクセスが合理化されていなければいくつもの障害を生み出します。 文書の保管ソリューションは存在しますが(FHIR など)、それらの文書内で特定の患者データに有意にアクセスして効果的に検索するのは、重大な課題となる可能性があります。

0 0
0 123

大規模言語モデル(OpenAI の GPT-4 など)の発明と一般化によって、最近までは手動での処理が非現実的または不可能ですらあった大量の非構造化データを使用できる革新的なソリューションの波が押し寄せています。 データ検索(検索拡張生成に関する優れた紹介については、Don Woodlock の ML301 コースをご覧ください)、センチメント分析、完全自律型の AI エージェントなど、様々なアプリケーションが存在します。

1 0
0 78

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

PythonスクリプトファイルやPythonで記述されたIRIS内メソッドを呼び出す際、エラーが発生した場合の対応方法をご紹介します。

説明使用するコードや資料PDFは公開しています👉 test1.pyFS.Utilsクラスコードのコピー元ビデオで解説している資料PDF

Embedded Python 自習用ビデオをご用意しています(項目別にYouTubeプレイリストをご用意しています)。

各プレイリストについて詳しくはこちらをご参照ください👉【はじめてのInterSystems IRIS】Embedded Python セルフラーニングビデオシリーズ公開!

1 0
0 65

近頃、LLM や AI などに関する話題で非常ににぎわっています。 ベクトルデータベースもそれなりに関わっており、IRIS 以外では、世界中で多様なサポートがすでに実現されています。

なぜベクトルなのでしょうか?

  • 類似検索: ベクトルでは、データベース内で最も類似する項目やドキュメントを検索するなど、効率的な類似検索が可能です。 従来のリレーショナルデータベースは完全一致検索向けに設計されているため、画像やテキストの類似検索といったタスクには向いていません。
  • 柔軟性: ベクトル表現には汎用性があり、テキスト(Word2Vec、BERT などの埋め込み経由)や画像(ディープラーニングモデル経由)などの様々なデータタイプから導き出すことができます。
  • クロスモーダル検索: ベクトルでは、様々なデータモダリティでの検索が可能です。 たとえば、画像のベクトル表現を基に、マルチモーダルデータベースで類似する画像や関連するテキストを検索できます。

理由は他にも多数あります。

そこで、この Python コンテストでは、このサポートを実装してみることにしました。 残念ながら時間内に完成させることはできませんでしたが、その理由を以下で説明します。

1 0
0 56

開発者の皆さん、こんにちは!

次のInterSystems プログラミングコンテストの内容についてご案内します📣

🏆 InterSystems Python コンテスト 🏆

期間: 2024年7月15日~2024年8月4日

賞金総額:$14,000

2 0
0 54
Contestant

コミュニティの皆さんこんにちは。

突然ですが、皆さんはIRISの機能にある「ユニットテスト」は利用されているでしょうか。
筆者はまだ実装まで行えていませんが、各関数の品質保証を担保するため導入を検討している段階です。

現状、IRISのユニットテストには下記2点の対応すべき点があると考えています。

  1. テスト結果の可読性が低い(先日vscodeで拡張機能が出ていましたが、やはり見ずらいと感じました)
  2. ユニットテストを自動で実行する手段がない

特にテストが継続的に自動で実施されないと、ユニットテスト自体が次第に陳腐化し、実行されなくなり忘れ去られる恐れがあると考えます。
ただし、意味もなく定期的にテストを実行しても効果がありません。
そこで、Gitのpushのタイミングで行おうと考えました。

次にテスト環境です。
テスト環境の構築は、テスト自動化の観点からみるとCI/CDツール等を利用するのが一般的だと思います。
ただ今回は、テスト環境の構築を簡易にすませたいと考え、IRISの既存技術を組み合わせて構築しようと考えました。

6 0
0 39

Pandas は単に人気のあるソフトウェアライブラリだけではありません。 これは、Python データ分析環境の基礎でもあります。 その単純さとパワーで知られており、データの準備と分析の複雑さをより扱いやすい形態に変換する上で不可欠な多様なデータ構造と関数が備わっています。 これは、主要なデータ管理および分析ソリューションである InterSystems IRIS プラットフォームのフレームワーク内で、主要評価指標(KPI)やレポート作成用の ObjectScript などの特殊な環境に特に関連しています。

データの処理と分析の分野において、Pandas はいくつかの理由により際立っています。 この記事では、それらの側面を詳細に探ります。

  • データ分析における Pandas の主なメリット:

ここでは、Pandas を使用する様々なメリットについて深く掘り下げます。 直感的な構文、大規模なデータセットの効率的な処理、および異なるデータ形式のシームレスな操作などが含まれます。 Pandas を既存のデータ分析ワークフローに統合する容易さも、生産性と効率を強化する大きな要因です。

1 0
0 39

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

PythonからObjectScriptのルーチンを直接呼び出すことはできませんが、クラスメソッドを経由して間接的に呼び出すことができます。

しかし、Pythonの変数とObjectScriptのローカル変数は内部構造が異なるため、情報の交換には少し工夫が必要です。

簡単なサンプルでその方法について説明します。

まず、2つの変数を足し算する簡単なルーチン ^testを作ります。

0 0
0 30
Contestant

開発者の皆さん、こんにちは!
InterSystems IRIS(以下、IRIS)を使用したアプリケーション開発において、皆さんは環境設定をどうされていますか?
私は最近になって、「インストールマニフェスト」という機能があることを知りました。
これは、管理ポータルでポチポチしていた作業をコード化・自動化できる強力なツールです!
最初こそとっつきづらかったものの良いところがたくさんあるなと思ったので、簡単にではありますが皆さんにその良さと始め方をご紹介したいと思います。

なお、私が使用しているIRISバージョンは以下です。

2022.1

バージョンが異なる場合、違う書き方になっているもの等が存在する場合がありますので、
公式ドキュメント等を参照し適宜読み替えていただければと思います。

7 0
0 16