Ohataさん、ご質問ありがとうございます！
第6引数でTranslateTableを指定できるので、それにより実現可能です。
上のコード例で指定するとすると、下記のようになります。

Set transtable="UTF8"
Set result=##class(%SQL.Statement).%ExecDirect(,"call %SQL_Util.CSV(,?,?,,,?)",.rowtype,filename,transtable)