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#InterSystems IRIS for Health

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InterSystems IRIS for Health™は、世界で最も重要なデータを管理する医療アプリケーションの迅速な開発を目的に特別に設計された世界初、かつ唯一のデータプラットフォームです。 トランザクションの処理と分析、拡張可能な医療データモデル、FHIRベースのソリューション開発、医療情報の相互運用性に関わる標準規格への対応など、すぐに使える強力な機能を搭載しています。 これらすべての機能により、開発者は価値を実現し、画期的なアプリケーションをすばやく構築することができます。 詳細はこちらをご覧ください

開発者の皆さん、こんにちは。
IRIS for Health 2021.1がリリースされてからしばらくたちますが、多くのユーザさんにFHIRリポジトリ機能をお使いいただいています。
今日はFHIRリポジトリのサーバ側の処理をカスタマイズする機能をご紹介したいと思います。

この記事で紹介している内容のFHIRリポジトリカスタマイズに関するドキュメントマニュアルはこちらになります。

この記事はIRIS for Health 2021.1 をベースに記載しています。バージョンによってはカスタマイズに必要なクラスが異なることがあります（例えば2020.1では後述のRepoManagerクラスはまだありません。）

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

Linux上では、以下の手順で InterSystems IRIS （以降IRIS）のインスタンスを削除してください。

(1) アンインストールしたい IRIS のインスタンスを iris stop で停止

# iris stop インスタンス名

(2) 以下のコマンドでインスタンス情報を削除

# iris delete インスタンス名

(3) IRIS のインストールディレクトリを rm コマンドで削除

# rm -r インストールディレクトリ

IRISは、インストール先のディレクトリのほかに、以下の(a)(b)も使用しています。

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本稿について

本稿では、InterSystems IRISを使用してSQLベースのベンチマークを行う際に、実施していただきたい項目をご紹介します。
Linuxを念頭においていますが、Windowsでも考慮すべき点は同じです。

メモリ自動設定をやめる

パフォーマンスに直結する、データベースバッファサイズの自動設定はデフォルトで有効になっています。自動設定は、実メモリの搭載量にかかわらず、データベースバッファを最大で1GBしか確保しません。

更新: 2020年11月20日 バージョン2020.3から、確保を試みるデータベースバッファが実メモリの25%に変更されました。

搭載実メモリ64GB未満の場合は実メモリの50%程度、搭載実メモリ64GB以上の場合は実メモリの70%を目途に、明示的に設定を行ってください。

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記事
· 2021年3月30日 1m read
動画：FHIR+IRIS for Health 101

*この動画は、2021年2月に開催された「InterSystems Japan Virtual Summit 2021」のアーカイブです。

この動画では、FHIR をご存じない方に向けて FHIR の概要を解説し、日本における FHIR 標準化活動の状況や国内外の事例を紹介しています。

https://www.youtube.com/embed/S7PV3RIpMUM
[これは埋め込みリンクですが、あなたはサイト上の埋め込みコンテンツへのアクセスに必要な Cookie を拒否しているため、それを直接表示することはできません。埋め込みコンテンツを表示するには、Cookie 設定ですべての Cookie を受け入れる必要があります。]

後半の16分～くらいからは、InterSystems IRIS for Health が提供する FHIR リポジトリに代表される FHIR 関連機能と、今後の機能ロードマップを紹介しています。

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開発者の皆さん、こんにちは。

AWSのEC2インスタンス（Ubuntu 20.04を選択）にIRISをインストールした環境を事前に用意した状態からの流れですが、AWS Lambda 関数からPyODBC経由でIRISに接続するまでの流れを試してみました。

以下の流れでご紹介します。

1. レイヤーを作成する

2. Lambda関数を作成する。

3. 1,2の流れをCloudformationで行う例

例で使用しているコード一式はこちらにあります👉https://github.com/Intersystems-jp/iris-pyodbc-lambda

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この記事はこちらの投稿の続きの内容です。

前回の記事では、プロダクションとは？について確認しました。また、サンプルコードを動かしながらプロダクションに流れるメッセージの中身をトレース画面で確認しました。

今回は記事では、システム統合を行うための必要な開発内容の中から、コンポーネント間のデータ送受信に使用される メッセージ について、作成するときの考え方や定義方法を確認していきます。

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この記事ではVMware ESXi 5.5以降の環境にCaché 2015以降を導入する場合の構成、システムのサイジング、およびキャパシティ計画のガイドラインを示します。

ここでは、皆さんがVMware vSphere仮想化プラットフォームについてすでに理解していることを前提としています。 このガイドの推奨事項は特定のハードウェアやサイト固有の実装に特化したものではなく、vSphereの導入を計画して構成するための完全なガイドとして意図されたものでもありません。これは、皆さんが選択可能なベストプラクティス構成をチェックリストにしたものです。 これらの推奨事項は、皆さんの熟練したVMware実装チームが特定のサイトのために評価することを想定しています。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems IRIS／Caché の管理ポータルメニュー：SQLデータインポートウィザードの処理で行うようなCSVファイルをテーブルへインポート、テーブルからファイルにエクスポートする方法をプログラムで実行することができます。

※ サンプルはバージョン 2017.1以降で動作確認しています。

※ バージョン 2016.2.3以前でお試しいただく場合は、SQL.Utilsクラス の20行目をコメント化してからご利用ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

ローカル変数の容量は、プロセスに許可する最大メモリ割り当て容量によって制限されます。

この値は、システム構成パラメータの bbsiz で設定します（設定方法は記事の後半にあります）。

既定値は、1プロセスあたり、262,144 KB です。
※IRIS 2022.1 以降は、既定値が -1(最大値：制限なし) になりました。
※Caché/Ensemble 2012.1以前では 16,384 KB でした。

値は 256KB からスタートし、プロセスがより大きな領域を必要とする場合は、bbsiz で設定した値まで拡張します。
（バージョン2012.1以前では 128KB～49,536KB の範囲で設定できます。）

この値を超えるようなローカル変数の使用があると、 エラーが発生します。

現在のプロセスに残っている使用可能なメモリ量は、$STORAGE 変数で確認できます（バイト単位）。
詳細は以下ドキュメントページをご参照ください。

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はじめに

システム開発では、集計作業や他システムとの連携など、数十秒ごとにバックグラウンドで処理を実行する、常駐プロセスが必要になるケースが多々あるかと思います。

Cachéでは、Jobコマンドを使って常駐プロセスを作成しますが、実際にシステムを安定稼働させるには、以下の監視の仕組みが必要でした。

  • 常駐プロセスの監視 常駐プロセス起動時にロックをかけ、二重起動を防止したり、プロセスが起動しているかどうかを監視する
  • ログ 常駐プロセスの処理状況や発生したエラーを記録し、処理が行われているどうかを監視する

IRISの場合、Interoperabilityにはこれらの機能が装備されています。したがって、Interoperabilityの機能を使えば、簡単に常駐プロセスを起動、監視することができます。

常駐プロセスの作り方

常駐プロセスの作成には以下の作業を行います。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

※ ここで説明するバックアップ方法は、外部バックアップ（##class(Backup.General).ExternalFreeze()を使用する方法）ではご利用いただけません。

その1（差分）

毎週日曜日1時にフルバックアップ、月曜日～土曜日の1時に差分バックアップを取得しているとします。

差分バックアップは、前日の1時に取得したバックアップからの更新ブロックが含まれるバックアップです。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems 製品は複数の SQL 文を一度に受け付けませんので、SQL 文での複数結果セットのサポートはありませんが、ストアドプロシージャを作成して複数の結果セットを返すことができます。

以下、ストアドプロシージャの中では、 %SQL.Statement クラスを利用して SQL を実行し、結果セットを作成し、結果セットを呼び出し元に返すため、ストアドプロシージャ実行時に自動生成されるプロシージャ・コンテキスト（＝%sqlcontext 変数に格納）の中に、結果セットを登録しています。

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これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

IRISのターミナルスクリプトを使用することで、コマンドラインからの入力作業なしで IRIS のユーティリティを実行することが可能になります。

また、IRISのルーチンやクラスを、Windows のバッチファイルで実行する場合(irisコマンドで実行)は、「認証なし」もしくは「オペレーティングシステム認証」を指定していただく必要がありますが、パスワード認証のみしか使用できないような場合に、ターミナルスクリプトを使用する方法が使えます。 手順は、以下のようになります。

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特報！！

この記事の中でご紹介している、FHIRオペレーションのデモを含め、FHIR PathやFHIRプロファイル対応などの2021.1のFHIR関連新機能をご紹介するウェビナーが、2021年10月21日 12:30~13:00 に開催されます！！ご興味ある方はこちらからご登録ください！！

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記事で使用されているすべてのソースコード: https://github.com/antonum/ha-iris-k8s

前の記事では、従来型のミラーリングではなく分散ストレージに基づいて、高可用性のあるk8sでIRISをセットアップする方法について説明しました。 その記事では例としてAzure AKSクラスタを使用しました。 この記事では引き続き、k8sで可用性の高い構成を詳しく見ていきますが、 今回は、Amazon EKS（AWSが管理するKubernetesサービス）に基づき、Kubernetes Snapshotに基づいてデータベースのバックアップと復元を行うためのオプションが含まれます。

Open Exchange app
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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

INFORMATION_SCHEMA スキーマを使用して取得できます。

INFORMATION_SCHEMA はシステム用スキーマのため、デフォルトでは管理ポータルのSQLメニューに表示されません。
表示させる方法は以下の通りです。

  1. 管理ポータル→システムエクスプローラ→SQL　メニューを開きます。
  2. スキーマのプルダウン左にある「システム」をチェックします。
  3. スキーマのプルダウンから INFORMATION_SCHEMA を選択します。

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この連載記事では、InterSystemsの技術とGitLabを使用したソフトウェア開発に向けていくつかの可能性のあるアプローチをを紹介し、議論したいと思います。 今回は以下のようなトピックを取り上げます。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

起動時に、 CTELNETD startup error: bind(sock) failed Telnet23ポートは別ソフトでは使用していません。というエラーが発生する場合の対処法です。

現在、InterSystems製品と以下のソフトの組み合わせで、この現象が発生することがわかっています。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

バックアップには、以下4種類の方法があります。

  1. 外部バックアップ
  2. オンラインバックアップ（コンカレントバックアップ）
  3. コールドバックアップ
  4. レガシー並行外部バックアップ

詳細は、以下ドキュメントをご参照ください。

バックアップの方法について【IRIS】
バックアップの方法について

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開発者の皆さん、こんにちは。

この記事では、複雑なJSON形式の文書を「JSONテンプレートエンジン」を利用して生成させる方法をご紹介します。

「JSONテンプレートエンジン」については、6月のウェビナーで使用例をご紹介しましたが、JSON生成対象として医療情報交換標準規格であるFHIRリソースのJSON（例：Patientリソース）を例に解説しています。

このエンジンは、JSON形式の文書であればどのような種類のデータでもご利用いただけますので、一般的なJSON形式の文書を利用して使い方をご紹介します。

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jQuery（$.getJSON と $.ajax）を使用した InterSystems IRIS データのJSON形式での取得方法をご紹介します。

以下にサンプルをご用意しました。

https://github.com/Intersystems-jp/REST_JSON_sample


サンプルには、次の内容が含まれます。

・REST + JSON
・REST + CORS

※それぞれ、$.getJSON と $.ajax で取得する方法を記載しています。

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キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、Ｘ線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部Ｘ線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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開発者の皆さん、こんにちは！

1つ前の記事では、VSCodeのObjectScriptエクステンションに追加されたRESTサービスのデバッグツールについてご紹介しましたが、この記事では、RESTクライアントなどからHTTP要求を実行し、処理中のIRIS内プロセスにアタッチしながらデバッグを行う方法についてご紹介します。

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開発者の皆さん、こんにちは。

以前の記事でIRIS for Health上でFHIRリポジトリを構築し、OAuth2認証を構成する方法をご紹介しました。
IRIS for Health 2020.4がリリースされ、FHIRリポジトリのアクセストークンをチェックする機能が追加になりました。

ドキュメントはAccess Token Scopesです。

この記事ではドキュメントの記載も抜粋しながらこの機能を紹介していきます。

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記事
· 2021年9月2日 2m read
$ZF(-100)の使用方法

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

$ZF(-100) のコマンドは、以下のフォーマットで使用します。

$ZF(-100, フラグ, コマンド名, コマンドの引数)

OSコマンドを実行する場合は、「/shell」フラグが必要です。
例えば mkdir であれば、次のように使用します。

// mkdir C:\temp\newdir
Write $ZF(-100, "/shell", "mkdir", "C:\temp\newdir")

コマンドの引数が複数ある場合は、以下の例のように引数の数だけ二重引用符で括ってカンマ区切りで指定します。

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記事
· 2021年4月29日 1m read
ミラーリングの機能について

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems のミラーリングを使用することで、以下2つの目的を達成できます。

  1. 自動フェイルオーバ
  2. ディザスタリカバリや、ビジネスインテリジェンスのためのデータベースの複製

1 については、2台の InterSystems 製品を利用し、プライマリサーバの InterSystems 製品に障害が発生した場合は、もう片方の InterSystems 製品に自動フェイルオーバが行えるミラーリング構成です。

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